После смерти Клемента Готвальд почти сразу же после похорон Сталина, новым президентом ЧССР стал Антонин Запотоцкий, а первым секретарем ЦК КПЧ партии - Антонин Новотный. В стране началась эпоха, которую чехи в шутку назвали "правлением двух Антонинов". В 1957 г. умер Запотоцкий, и Новотный, заняв пост президента, стал полновластным хозяином страны. Но, несмотря на все его усилия, социально-экономическое положение Чехословакии оставляло желать лучшего.
Начиная с 1962 года экономика находилась в пермаментном кризисе, а пятилетний план 1961-1965 года был провален почти по всем показателям. Видный экономист Ота Шик разработал программу выхода из кризиса, но руководство страной не желало отказываться от старых методов хозяйствования. В результате, цены росли быстрее, чем зарплата, а советская помощь не стала панацеей от всех бед, на что сильно рассчитывал Новотный. Тем временем, вокруг лидера компартии Словакии Александра Дубчека стала собираться оппозиция режиму Новотного.
Осенью 1967 года в Праге прошли демонстрации протеста против курса правительства. Внутриполитическая ситуация обострилась до предела, и на внеочередном пленуме ЦК 5 января 1968 года Антонин Новотный был смещен с поста первого секретаря, сохранив за собой президентское кресло. Его место в партийной иерархии занял Александр Дубчек. Брежнев лично прилетел из Москвы, чтобы «спасти» Новотного, но сделать ничего не смог.
Дубчек был сыном социалиста, который после первой мировой войны принял коммунизм и сперва вместе с семьей вернулся из Америки в Чехословакию, а заем отправил жену и двух сыновей в Москву. Александр Дубчек вырос в России, получил высшее политическое образование и был «преданным сыном партии». Несмотря на арест и несколько лет, проведенные в тюрьме, Дубчек не изменил своих идеалов и по-прежнему верил в победу коммунизма. Пока Новотный и его коррумпированные приближенные купались в роскоши в Праге, Дубчек скромно жил в Братиславе. Он сам водил свою машину, одевался довольно старомодно, не курил и не пил.
Придя к власти, Александр Дубчек не сразу стал действовать как реформатор. Поначалу он даже не имел четкой программы, но твердо знал, к чему нужно стремиться. Целью Дубчека было построение «социализм с человеческим лицом». В начале января Дубчем объявил, что пария готовит «Программу действий», которая определит пути и способы построения нового социалистического общества. А уже 6 февраля высшее партийное руководство собралось , чтобы обсудить новую программу, разработанную Отой Шиком, философом Радованом Рихтой и историком Ауэрспергом. Одновременно с либерализацией, в обществе нарастали антисоветские настроения. Когда 15 февраля на олимпийских играх в Гренобле хоккейная команда ЧССР обыграла русский со счетом 5 : 4, для многих тысяч чехов и словаков это событий превратилось в национальный праздник. Люди радовались не столько золоту, добытому своей командой, сколько возможности хоть в чем то утереть нос Советскому Союзу.
22 февраля в Прагу на празднование двадцатилетнего юбилея коммунистического переворота съехались лидеры всех стран Восточного блока. В тот же день в еженедельнике министерства оборону «Обрана лиду» появилась статья, проливающая свет на события, связанные со смещением Новотного. Тогда, в декабре 1967 года, Антонин Новотный вместе с генералом Шейной попытались организовать военный переворот, чтобы не допустить избранию Дубчека первым секретарем КПЧ.
Спустя два для после публикации этой статьи, 25 февраля 1968 года, генерал Шейна бежал заграницу вместе со своим сыном и его любовницей. Комичность ситуации заключалась в том, что просоветски настроенный генерал побежал не в Москву, а в Рим, где сразу же направился в американское посольство и попросил политического убежища . ЦРУ тайно переправило Шейну в Вашингтон и разместило неподалеку от своей штаб-квартиры в Лонгли. Несколько месяцев спустя, когда советские войска вторглись в Чехословакию, генерал Шейна стал ценнейшим источником информации, благодаря которому США смогли правильно оценить происходящее в стране.
Брежневу определенно не понравилась «Программа действий» КПЧ, и 28 февраля в Прагу прилетел командующий вооруженными силами стран-участниц Варшавского договора маршал Иван Якубовский. Маршал встретился с Дубчеком и Новотным. Официальным предлогом для визита стала неожиданная измена Шейны, но подлинная причина посещения Якубовским Чехословакии была другая. По данным военной разведки ЧССР, Советский Союз начал планировать вторжение с конца февраля 68-го года, сразу после возвращения маршала Якубовского в Москву.
Тем временем, скандал с бегством Шейны получил свое продолжение. 8 марта Генеральный штаб открыто обвинил президента Новотного и заместителя министра обороны генерала Янку в попытке организовать военный переворот. В ответ на это Новотный лишил генералу Шейну всех званий и государственных наград, а Янко застрелился у себя в кабинете.
10 марта 1968 года исполнилось 20 лет со дня загадочной гибели Яна Масарика. Тысячи людей пришли на кладбище, где министр иностранных дел был похоронен рядом со своим отцом Томасом Масариком. Во время митинга на их могиле выступавшие потребовали расследования обстоятельств смерти Масарика -младшего, поскольку официальная версия о его самоубийстве не внушала доверия. 3 апреля начальник отдела расследований Генеральной прокуратуры Котлар возбудил дело по факту убийства Яна Масарика.
После того, как дело Масарика достали из архива, Прагу захлестнула странная волна самоубийств. Еще 28 марта пропал вице-президент Верховного суда ЧССР Иозеф Брештанский, который должен был заниматься пересмотром этого щекотливого дела. 2 апреля он был найден повешенным в лесу недалеко от столицы. По официальной версии, Брештанский сам наложил на себя руки. 26 апреля у себя на квартире в Праге застрелился доктор Иозеф Зоммер, работавший в 1950-51 годах тюремным врачом. На следующий день пустил себе пулю в лоб полковник Почепицкий, глава отдела расследований Пражского отдела общественной безопасности. Газеты еще долго писали о странной смерти Яна Масарика, но официальной расследование зашло в тупик. Этому способствовала и позиция Москвы, которая не только отказалась сотрудничать с чешской стороной, но и обвинила Прагу в провокационный действиях.