Одновременно с операцией в Иерусалиме, израильтяне, продвигаясь на юг от города, взяли Вифлием, Хеврон и вышли на северо-западный берег Мертвого моря. Кроме того, они начали наступление в Самарии. Операция по захвату западного берега реки Иордан осуществлялась двумя ударами, из Галилеи и района Иерусалима. В ходе двухдневный боев израильские части встретились у города Шхем и вышли к Иордану. Король Иордании Хусейн, не получив помощи от своих сирийских и иракских союзников, 7 июня согласился прекратить огонь.
С начала 60-х годов Сирия совместно с Ливаном строили канал, который должен был отвести воду из Иордана в Ярмух. Израиль не мог допустить, чтобы его лишили основных запасов пресной воды, которая в этом пустынном регионе ценится на вес золота. В 1964 году израильская авиация разрушила канал, и под угрозой войны строительство было прекращено. Несмотря на выраженную антисемитскую политику, Сирия не поддержала Египет и Иорданию в первые дни войны. Сирийцы спровоцировали Насера на ввод войск в Синай, но после неудачного налета на Хайфу, воздерживались от каких-либо действий в отношении Израиля и даже отказали в помощи втянутому в войну Хусейну.
Однако, утром 9 июня министр обороны Даян отдал своим войскам приказ напасть на Сирию. Целью этой наступательной операции был захват Голанских высот. Это плато не только господствовало над прилегающей территорией Израиля, но и служило естественной преградой, прикрывающей Дамасскую долину. Переброшенные с западного берега реки Иордан танковые части, разделенные на четыре оперативные группы, при поддержки авиации перешли в наступление. Сирийцы ожесточено защищались, но израильтяне взломали оборону противника.
Утром 10 июня сирийцы стали отступать по всей линии фронта, а к исходу дня высоты оказались в руках армии Израиля. После этого боевые действия были прекращены. В тот же день Советский Союз разорвал дипломатические отношения с Тель-Авивом.
Египет был шокирован очередным поражением. Когда израильтяне пошли на штурм Голанских высот, президент Гамаль Абд Эль-Насер объявил о своей отставке. На следующий день после массовых манифестаций по всей стране, он вернулся к исполнению полномочий президента страны, но использовал заработанный политический капитал для организации процесса над руководством армии. Сразу после возвращения к власти Гамаль Насер подписал указ о смещении верховного командования армии во главе с маршалом Абд эль-Хаким Амером. Главнокомандующий был обвинен в поражении египетских войск на Синае и отдан под суд. Правда, приговоры по «делу генералов», вынесенный в феврале 68-го, были относительно мягкими.