При одновременном наличии у фирмы или ИП переплаты по одному налогу и задолженности по другому, они имеют возможность в течение трех лет оформить зачет переплаты в счет погашения долга. С 31 августа 2018 года начнут действовать соответствующие положения Федерального закона № 232-ФЗ от 29.07.2018 года.
По общим правилам, налоговики производят зачет переплаты по одним налогам в счет задолженности в виде пеней или недоимки по другим налогам. Но при этом градация по уровню налогов должна строго соблюдаться. Нельзя переплату по местным налогам зачесть в пользу региональных. Между собой зачитываются налоги, соответствующие только одному и тому же уровню бюджета (федеральные - к федеральным, региональные - к региональным, местные - к местным).
Зачет инспекторы могут проводить самостоятельно либо по заявлению налогоплательщика. Если зачет производится по заявлению, то его срок ограничен трехлетним периодом. Например, если в 2014 г. у налогоплательщика была переплата по НДС, а в 2018 году по нему же образовалась задолженность и пени, то заявление писать не имеет смысла. Налоговая его не примет. В то же время, сами инспекторы смогут зачитывать переплаты за любой срок. Но только по собственной инициативе.