Всякий источник водоснабжения подвержен загрязнению. Грунтовые воды неглубокого залегания загрязняется через почву, неисправности в сетях канализации и по ряду других причин. Для охраны колодца от загрязнения территория вокруг него должна быть благоустроена и озеленена, а сам колодец периодически следует очищать от донных отложений ила и удалять водную растительность.
Если все же в колодец попали сточные воды, фекалии и т.п., то его необходимо дизинфицировать. Дезинфекция выполняется и в целях профилактики желудочно- кишечных заболеваний по окончании строительства колодца либо после его очистки и ремонта. Для дезинфекции используется хлорная известь.
Очистка колодца проводится через два часа после предварительной дезинфекции. Из колодца удаляют воду, его очищают от посторонних предметов, снимают грязь и иловый налет со стенок шахты. После очистки содержимое вывозят на свалку либо закапывают в яму глубиной не менее 0,5 м, устроенную на расстоянии не менее 20 м от колодца. Грязь и ил предварительно заливают 10% -м раствором хлоридной извести.
