Летом 39-го года Гиммлер, игнорируя обструкцию, которою ему устроило командование вермахта, добился участия военизированных частей СС в войне с Польшей. 10 сентября он отдал приказ о формировании первых трех дивизии СС: дивизии из трех полков ВТ, позднее получившей наименовании «Дас Рейх», дивизии «Мертвая голова» и дивизии полевой жандармерии. Через несколько месяцев, 1 декабря 1939 года, рейхсфюрер СС объединил все подчиненные ему военные части в Ваффен-СС.
По замыслу Гиммлера, войска СС, благорадя строгому расовому отбору и идеологическому воспитанию, должны были превратиться в элитных политических солдат Третьего рейха. Дивизии СС использовались вермахтом в различных боевых операциях, и полностью подчинялись командованию армейских частей, которым они были приданы. Однако, в то же время Ваффен-СС находились в подчинении у Гиммлера, и главное командование СС ведало вопросами их комплектации, обучения и снабжения. То есть, рейхсфюрер СС практически утратил право на командование с таким трудом созданных им дивизий, уступив их военным. Более того, даже внутри ведомства рейхсфюрера войска СС стали причиной постоянных споров и конфликтов.
В течении 1939-40 годов Генрих Гиммлер создал ряд новых управлений СС, действовавших на правах имперских министерств, но не имевших четко определенного юридического статуса и разграничения полномочий. Это привело к тому, что между старым Главным управлением СС (Hauptamt SS), возглавляемым обергруппенфюрером Готтлибом Бергером и главой нового Оперативного главного управления (SS-Führungshauptamt), представлявшего собой нечто вроде Генерального штаба Гиммлера, обергруппенфюрером Хансом Юттнером возникла сильная конкуренция. Главным камнем преткновения между двумя инстанциями стали разногласия между по вопросу о темпах роста численности войск СС.
Юттнер, отвечавший за формирование и обучение новых частей Ваффен-СС, был сторонником принципа «лучше меньше, да лучше», пытаясь сохранить в войсках дух профессиональной элитной армии. Бергер же, опираясь на поддержку Гиммлера, требовал набирать в войска СС всех желающих, стараясь максимально увеличить их численность. Начиная с 1940 года Готтлиб Бергер стал привлекать в Ваффен-СС добровольцев из-за границы. С этого времени двумя главными источниками пополнения войск СС стали фольксдойч, главным образом из Венгрии, Румынии и Хорватии, а так же страны с «арийским» населением, к которым нацисты относили Голландию, Данию и Норвегию.
Но, уже в 42-и году в Ваффен-СС стали записывать в принудительном порядке на основе физических данных призывника. Медленно но верно войска СС из элитарных придворных подразделений стали превращаться в массовую пангерманскую армию. А с 1943 года, после страшного поражения под Курском, где почти полностью погиб весь 2-й танковый корпус СС, несмотря на всю трескотню о расовой чистоте и превосходстве «истинных арийцев», в Ваффен-СС стали набирать французов, итальянцев, латышей, эстонцев и даже славян. Были сформированы три мусульманские дивизии СС («Скандербег», «Хандшар» и «Кама»), Индийский легион и даже Британский освободительный корпус. Правда, эти подразделения служили больше пропагандистским, нежели военным целям. В итоге, почти все боевые соединения СС, созданные после 1941 года, отличались низкой боеспособностью и ни в коей мере не отвечали высоким требованиям, первоначально предъявлявшимся Ваффен-СС.
На деле, имелось только дюжина элитных дивизий СС, которые были переформированные в танковые и использовались ставкой фюрера в качестве «пожарных команд», которые перебрасывали с одного разваливающегося фронта на другой. Утрата боеспособности шла рука об руку с ростом количества военных преступлений, совершаемых солдатами и офицерами войск СС. Так, в середине 43-го года на Восточном фронте в местах дислокации Ваффен-СС уровень преступности был в шесть раз выше, чем там, где располагались части вермахта.
Всего Гиммлер планировал сформировать 12 немецких и 32 иностранные дивизии СС, поскольку с увеличением солдат в черной форме росло и влияние рейхсфюрера. Но, к маю 45-го года Гиммлеру пришлось остановиться на цифре 38.