Чезаре был вторым ребенком Родриго Борджиа с Ванноцца Деи Каттанеи. Воспитание Чезаре было полностью спланировано его отцом: до своего 12-летия он обучался у репетиторов в Риме. Он вырос восхитительным человеком, отлично знающим войну и политику. Еще Чезаре изучал право и гуманитарные науки в институте Перуджи, вслед за тем поступил в Пизанский Университет для изучения теологии (богословия). Окончив институт, он, по воле отца, стал кардиналом. Чезаре подозревался в убийстве брата Джованни, но нет точных доказательств, подтверждающих это. Тем не менее, гибель Джованни расчистила путь Чезаре, благодаря этому он смог стать мирянином (последователь христианства, член Церкви, не являющийся священником) и получить почести, которые его брат получил от своего отца, папы Александра VI. Хоть Чезаре и был кардиналом, но он оставил священный орден, дабы получить власть и занять место, которое в свое время занимал Джованни: кондотьеро . В конце концов он женился на французской принцессе Шарлотте