4 октября 1990 года 1 тысяча солдат тутси из Руандийского патриотического фронта под командованием генерал-майора Фредерик Рвиегиема, бывшего заместителя министра обороны Уганды, перешли северную границу Руанды. По мере продвижения в сторону Кигали, к ним присоединялось местные тутси, и вскоре под началом Рвиегиемы было уже 10 тысяч человек. У города Гибиро армию тутси встретили заирские парашютисты, срочно переброшенные маршалом Мобуту на помощь соседу. Одновременно в Кигали высадились бельгийские десантники и части французского Иностранного легиона, которые начали эвакуацию из страны работавших там европейцев. Когда за последним белым специалистом закрылась дверь самолета, бельгийцы и французы покинули Кигали. Руанда погружалась в пучину кровавой межплеменной войны.
Совет Безопасности ООН ввел в Кигали «голубые каски», но они не смогли остановить войну. 2500 миротворцев оказались между двух огней. Хуту смогли сохранить свою власть в Руанде, но в районах расселения тутси боевые действия не прекращались ни на минуту. В 1993 году Бутрос Гали сократил численность контингента войск ООН в несколько раз, оставив в столице страны только 456 солдат и офицеров, которые в основном, охраняли белое население. 6 апреля 1994 года бойцы РПФ сбили самолет президента Руанды хуту Джувенала Хабьяримана. Президент погиб на месте.
После убийства Хабьяримана войска хуту напали на провинции, где жили тутси, истребляя всех, кто попадался им на пути. Но, армия генерала Рвиегиемы отбросила хуту назад и начала продвигаться к столице. На севере Руанды развернулись кровопролитнейшие бои, сопровождавшие этническими чистками, в которых только за два месяца погибло от 200 до 500 тысяч человек, в основном мирного населения. Хуту резали и жгли живьем тутси, а тутси делали то же самое с хуту. Фронт постепенно приближался к столице, и в конце апреля в Кигали высадились 200 бельгийских парашютистов, которые срочно эвакуировали европейцев. Через две недели тутси с большими потерями вышли на окраины города. Ожесточенные уличные бои продолжались до 5 июля, когда Руандийский патриотический фронт полностью захватил столицу. Все хуту, которые не успели покинуть город, были зверски убиты. К этому времени Рвиегиема контролировал 80 процентов территории Руанды.