Причин может быть несколько. Самая главная - что интерес студентов к разным программам разный. В бакалавриате можно подавать сразу на несколько программ, поэтому ни вуз, ни сами студенты не знают «реального» конкурса. Это может быть несколько человек на место, но после первой волны не все студенты выберут именно эту программу, и места могут остаться. Тогда на них объявляется вторая волна конкурса. С другой стороны студент, не прошедший отбор на программу первого выбора (это касается и магистратуры, где можно подавать только в один вуз), может переподать на смежную программу и не потеряет год. Таким образом, с точки зрения мест и возможностей обучения, выигрывают обе стороны.
Тут также играет роль и желание университетов набрать наиболее сильных студентов и гарантировать им место обучения (например, такое право даёт победа на олимпиадах), возможность для студентов с лучшими результатами получить финансовые льготы или дополнительные стипендии, упрощение каких-то административных процессов. Но без сомнения, у нескольких волн зачисления больше плюсов, чем минусов (которых я даже не припомню, но они наверняка могут быть).