Новое чистящее средство эффективно уничтожает микробы... или микробов?
В русском языке в подобных ситуациях на выбор окончания влияет грамматическая (не биологическая!) категория одушевленности/неодушевленности.
У одушевленных существительных форма множественного числа винительного падежа совпадает с формой родительного падежа, у неодушевленных — с формой именительного.
Но есть ряд случаев, когда одушевлённое существительное может склоняться как неодушевлённое. Слово микробы как раз относится к таким.
Причём в словаре Д. Э. Розенталя «Управление в русском языке» вариант микробы числится как основной, а микробов — как использующийся реже.
Таким образом, правильны оба варианта:
уничтожает микробы,
уничтожает микробов.