В конце лета 1979 г. в Кремле было принято решение устроить в Кабуле новый переворот и убрать Амина, который, по мнению Политбюро, не мог справиться с ситуацией. Москва решила убрать Амина и передать всю полному власть Тараки, которые опирался на группу, получившую с легкой руки советских советников прозвище «четверка», или «банда четырех». Возглавлял эту группу глава службы безопасности АГСА Асадула Сарвари, прозванный за беспредельную жестокость «кин-конгом». Его ближайшим помощников был генерал Варанджар. «Четверка» поддерживала тесные контакты с КГБ, и именно с ее подачи было решено убить Амина.
Амин узнал о готовящемся заговоре и 14 сентября отправил всю «четверку» в отставку. В тот же день Пузанов организовал встречу Амина и Тараки, которая закончилась перестрелкой. Ночью Тараки пытался поднять по тревоге гарнизон Кабула, но военные приняли сторону Амина. На следующей день Тараки был арестован. КГБ успел тайно вывезти «четверку» в СССР, но спасти Тараки было невозможно. 8 октября 1979 г. по приказу Амина он был убит. Одновременно спецслужбы уничтожили весь клан Тараки. Официально было объявлено, что президент скончался от тяжелой болезни.
Москва отдала приказ советникам оставаться на своих постах и продолжать борьбу с моджахедами, но отношения с Амином оставались натянутыми. Новый президент потребовал выдать ему укрывшуюся в СССР «четверку», но Пузанов заявил, что советскому правительству ничего не известно о судьбе этих людей. Также Кремль отклонял все просьбы Амина об организации его официального визита в Москву.
Тем временем «четверка» вошла в контакт с Кармалем, также находившимся в СССР и начала готовить план возвращения к власти. Однако им не удавалось наладить работу в Афганистане. Амин реорганизовал службу безопасности в Пролетарский институт безопасности (КАМ), поставив во главе своего племянника и вывел новый орган из под контроля КГБ. Тем временем к концу 1979 г. моджахеды действовали в пригородах Кабула.
Создание на территории СССР теневого правительства Афганистана фактически означало неприятие Москвой Амина как руководителя ДРА. Поскольку его позиции в стране были довольно сильны, единственным методом вернуть «четверку» к власти оставалось прямое военное вмешательство. Вопрос о вводе в Афганистан советский войск поднимал еще Тараки, которые во время восстания в Герате просил СССР направить либо авиацию, либо бронетехнику с экипажами. Тогда Политбюро решило, что делать это нецелесообразно. Тем не менее, еще с конца 1978 г. войска Туркестанского и Среднеазиатского ВО находились в постоянной боевой готовности. Уже в начале 1979 г. на базе бригады спецназа ТуркВО был сформирован мусульманский батальон – знаменитый мусбат, которому суждено было сыграть ключевую роль в штурме дворца Амина. Во время гератского восстания Устинов доложил Брежневу, что в течение нескольких часов может перебросить из Средней Азии в Афганистан 3 полностью готовых к боевым действиям полка.
С 17 августа по 22 октября в Афганистане находилась группа из 63 высокопоставленных советских военных во главе с главкомом Сухопутных войск генералом армии И. Павловским. После возвращения миссии в Москву вопрос о вводе войск был решен, и началась усиленная подготовка. На территории Туркестанского и Среднеазиатского округов была проведена мобилизация резервистов, с запада страны стягивали технику и войска. Хафизулла Амин с радостью приветствовал решение Москвы, надеясь укрепить свой режим советскими штыками.
Официально окончательное решение о вводе войск в Афганистан было принято на заседании Политбюро 12 декабря 1979 г., но это было своего рода формальное благославление давно спланированной и отработанной операции. К этому времени формирования 40-й отдельной армии было уже завершено, и развернутые в полной боевой готовности у границы войска только ждали приказа войти в Афганистан.
28 ноября 1979 г. в Кабул прилетел первый замминистра внутренних дел генерал В. Папутин, которые должен был курировать устранение Амина и вернуть к власти «четверку». В начале декабря в Кабул и Баргам были переброшены части ВДВ и спецназа ГРУ и КГБ, силами которым планировалось провести переворот. Первоначально было решено сместить Амна 14 декабря, но затем операцию перенесли на 28-е число.
Желая избежать кровопролития, утром 27 декабря КГБ попытался отравить Амина во время званного обеда по случаю ввода советских войск в Афганистан, но эта попытка сорвалась. Президент был убит вместе со своей семьей только на следующий день по время штурма дворца.
Вечером 28 декабря прилетевший из Ташкента Бабрак Кармаль выступил по радио и объявил себя новым президентом ДРА. Прибывшая вместе с ним «четверка» приняла самое активное участие в перевороте и заняла ключевые посты в новом правительстве. Пролетарский институт безопасности, чей глава еще за несколько недель до описываемых событий был убит в СССР, советники из КГБ преобразовали в Государственную службу информации (ХАД). Во главе новой тайной полиции, штат которой был заранее подготовлен на территории СССР, встал Мохаммед Наджибулла.
Принимая решение о вводе войск, никто в Политбюро не мог предположить, что Ограниченный контингент будет втянут в безграничную войну на ближайшие 10 лет. В принципе, сам ввод войск был крайней, но вовсе не экстраординарной мерой. Подобное операции уже проводились в 1956 г. в Венгрии, в 1968 г. в Чехословакии и всегда давали мгновенный положительный эффект. Позднее факт оккупации Афганистана оброс множеством геополитических спекуляций, но на конец 1979 г. он имел ясную и довольно логичную, с точки зрения советского руководства, цель – сохранить за собой ДРА. Войска должны были пробыть некоторое, весьма недолгое время в стране, укрепить режим Кармаля и вернуться на родину. Изначально предполагалось, что новое единое правительство, в состав которого ходили как халькисты, так и парчамисты, в недалеком будущем сможет справляться со своими проблемами самостоятельно.
Ввод войск в Афганистан повлек за собой ряд серьезных политических осложнений. Уже через месяц в послании к Конгрессу США президент сформулировал положения новой внешнеполитической концепции, которая вошла в историю как доктрина Картера. Учитывая революционные события в Иране, США пытались всеми силами сохранить позиции в стратегически важном нефтяном регионе. Картер открыто заявил, что «любые попытки какой-либо внешней силы установить контроль над Персидским заливом будут рассматриваться как угроза жизненным интересам Соединенных Штатов Америки. В ответ на подобные посягательства будут приняты все адекватные меры, включая военное вмешательство». Вслед за этим США ввели экономические санкции против СССР и отказались ратифицировать Договор ограничении стратегических наступательных вооружений ОСВ-2.
Однако все эти меры носили чисто дипломатический характер и не вызвали ожидаемой реакции в Москве. Как в 1968-м, так и в 1979 гг. Брежнев считал, что сохранение целостности социалистического лагеря важнее добрых отношений с США.