Появление в охваченной чумой Москве заморского лекаря, который во всеуслышание заявлял, что не боится ни чумы, ни огня, на клинков, ни стрел, ни даже самой смерти, было воспринято суеверным Иоанном, как некий знак свыше, дававший ему шанс на удачное избавление от многих бедствий. Велеречивый, сыпавший латинскими словечками, знавший секреты приготовления многих ядов и целебных снадобий, Бомелий сразу расположил к себе неуравновешенного царя.
Влияние новоявленного лекаря и звездочета стало практически безграничным после того, как Бомелий заявил Иоанну Грозному, что на том лежат черные чары и что две его супруги Анастасия и Мария были сжиты со свету завистниками и чернокнижниками. В довершение своих уверений Бомелий дал царю склянку с какой-то микстурой, которая, по его словам, должна уберечь самодержца от яда, порчи и сглазу.
С этого времени Елисей Бомелий стал неотлучно находиться при грозном царе. На скоморошьих пирах и во время кровавых казней, на охоте и во время приемов заморских послов приближенный лекарь неотступно следил за здоровьем своего господина, давал тайные советы и предостерегал от влияния потенциальных недругов. Ночи напролет Бомелий проводил на Сухаревой башне, куда временами заглядывал и сам царь. Ссылаясь на звезды, Елисей объяснял Иоанну Грозному какое влияние на события оказывает Луна, что значит Марс в жизни царственных особ и томная Венера в делах сердечных.
Сыпля латинскими терминами, звездочет уверял Иоанна, будто планеты и звезды выстраиваются как нельзя лучше для русского царя, подталкивая его тем самым к решительным действиям, как во внешней, так и во внутренней политике. Окружение Иоанна IV ненавидело Бомелия, так как астролог и чернокнижник, ссылаясь на звездные расчеты, называл царю имена его тайных врагов, которых немедленно ждала мученическая смерть или позорное изгнание.
По мнению некоторых историков именно по наущению Бомелия опале подверглись такие видные и уважаемые люди того времени, как князья Михаил Воротынский, Никита Одоевский и Петр Куракин, боярин Михайло Морозов с двумя сыновьями и супругою Евдокией, окольничие Петр Зайцев и Григорий Собакин, псковский игумен Корнилий и новгородский архиепископ Леонид.
Нередко в своих расправах над неугодными Иоанн Грозный использовал яды, которые весьма искусно изготавливал Бомелий. Так от медовой чаши с Елисеевым ядом, поднесенной самим царем, в одночасье и без мучений скончался воевода Митьков. Бомелий подозревался современниками в отравлении князей Прозоровских, второй жены сына Иоанна – Параскевы Михайловны Соловой, стрелецкого воеводы Федора Мясоедова...