Phantasy Star IV: The End of the Millennium продолжает сюжет 1 и второй части серии великих игр, а сюжет 3 части происходит в тоже время с нашей игрой. Если вам не посчастливилось играть в в 1 и 2 части, то не стоит переживать, так как после событий в первых частях прошло более 1000 лет и в четвертой части вы встретите новых героев и новые приключения, а, следовательно, и погрузиться в сюжет не составит труда. Только что закончив обучение в Гильдии охотников Чаз и Элис отправляются к управляющему академией где узнают о появлении монстров и отправляются зачистить подвал академии от них...