Поскольку в Unreal Engine не совсем плюсы (подробнее читайте вступление), то и проекты - не совсем проекты. Основным файлом проекта является файл "[project name].uproject" в корне папки проекта. Этот тот файл, с которого движок начинает загрузку проекта. Соответственно он обязателен и должен находиться под системой контролем версии, если вы ее используете. Файл содержит перечень загружаемых плагинов, версию используемого движка и перечень платформ, под которые проект будет собираться. Папка Source Source - исходники вашей игры. В дальнейшем вы (скорее всего) придете к использованию плагинов и исходники переедут в Plugins...
Файловая система Linux очень сильно отличается от того, к чему привык пользователь Windows. Тут нет привычных дисков с их буквенным обозначением и нет папки Program Files. Смотрите оглавление раздела, посвященного Линукс Файловая система Линукс располагает папки по типу дерева, которое идет от некого корня. И главное, любая папка может физически находится на другом диске, как логическом, так и физическом. Скажем папку Home ставят на другой диск, папка хранит все документы пользователя и в случае переустановки системы, они так и останутся...