Случай достаточно редкий, но имеет место быть. Я столкнулся с этим когда установил и снес программу Komorebi. Это такая программка для укрошательств рабочего стола, которая, как я понимаю, что то блокирует в Nemo, или даже берет под контроль конфигурацию рабочего стола, но как то коряво и несовместимо. После удаления проги получаем пустой рабочий стол, клики правой кнопкой не дают эффекта. Хотя многим нравиться такой стол, но я не многие, мне не нравиться, так как я активно пользуюсь возможностью размещать там рабочие файлы и ярлыки на программы, скрипты и тд...