Поскольку в Unreal Engine не совсем плюсы (подробнее читайте вступление), то и проекты - не совсем проекты. Основным файлом проекта является файл "[project name].uproject" в корне папки проекта. Этот тот файл, с которого движок начинает загрузку проекта. Соответственно он обязателен и должен находиться под системой контролем версии, если вы ее используете. Файл содержит перечень загружаемых плагинов, версию используемого движка и перечень платформ, под которые проект будет собираться. Папка Source Source - исходники вашей игры. В дальнейшем вы (скорее всего) придете к использованию плагинов и исходники переедут в Plugins...