В 90-е годы В.В. Зубарев трудился в сфере частного бизнеса и активно включился в общественно-политическую деятельность. Земляки доверяли ему представлять их интересы в Красноярском городском Совете, неоднократно – в Законодательном Собрании края, Государственной Думе. Его высокие профессиональные качества были востребованы и в должности заместителя председателя Правительства края – министра экономического развития и инвестиционной политики.