Маргарита, потомок короля Альфреда Великого, пережила бурное детство. После убийства её деда Эдмунда Железнобокого, правившего Англией недолгое время в 1016 году, его испуганная семья бежала в Венгрию. Там Маргарита и родилась у Агаты (происхождение неизвестно), вышедшей замуж за Эдуарда Этелинга, сына Эдмунда Железнобокого. В 1057 году, будучи приглашённым обратно в Англию своим дядей, королём Эдуардом Исповедником, отец Маргариты стал претендентом на английский престол. Однако Маргарите, которой к тому времени исполнилось десять лет, и её младшим брату и сестру, Кристине и Эдгару, пережили смерть отца в течение года после прибытия. Маленький Эдгар был слишком слаб и не имел достаточной власти, чтобы занять престол после смерти Эдуарда Исповедника в январе 1066 года и им опять пришлось бежать. Их мать нашла убежище для своей семьи при шотландском дворе. Маргарита свободно говорила по-французски, так как провела свои юношеские годы при нормандском дворе в Англии. Она изучала Свящ