Согласно письменным источникам, в Бухарском и Хивинском ханствах российские граждане — пленники или отпущенные на волю (правда, без права вернуться на родину) — проживали уже в конце XVIII — начале XIX веков. Это позволяет предположить, что в то время в регионе могли существовать и христианские некрополи. Однако никаких документальных свидетельств или материальных следов таких кладбищ пока не обнаружено.
Первые значительные христианские захоронения в Казахстанско-Среднеазиатском регионе появляются в период завоевания этих территорий Российской империей. Изначально это были братские могилы, разбросанные на местах сражений.
Так, первый русский некрополь на территории нынешнего Узбекистана появился в 1865 году на холме Шор-тепе (к востоку от жилмассива Карасу), где 9 мая произошло первое сражение войск генерала Черняева с ташкентцами (гарнизоном Коканда). Погребение 25 русских воинов было совершено по православному обряду военным священником протоиереем Андреем Маловым. Позднее на этом месте возникло поселковое христианское кладбище, действующее и поныне.
В Ташкенте частично сохранилась часовня на месте братской могилы воинов, павших в 1860-е годы, возведённая у Камаланских ворот, неподалёку от одноимённого мазара.
На окраине Ташкента в 1860-х годах возникло солдатское кладбище рядом с военным госпиталем. Здесь в 1871 году была построена сырцовая церковь, освящённая 30 сентября во имя святого Пантелеймона. 25 июля 1897 года здесь состоялись похороны графа Н. Я. Ростовцева. В начале XX века кладбище было закрыто.
Братские могилы русских воинов также появились по мере продвижения царских войск вглубь Туркестана — в Джизаке и Самарканде (май 1868 года), а чуть позже — и на окраине Карши. Над могилами устанавливали скромные памятники. Сегодня многие захоронения того времени перенесены на городские христианские кладбища.
История христианских кладбищ в Узбекистане фактически начинается с включения большей части Туркестана в состав Российской империи. Почти 140 лет назад здесь появились первые русские поселения и кварталы — в Ташкенте, Самарканде, Джизаке, Маргелане, Андижане, Коканде и других городах.
В первые годы христианские некрополи располагались непосредственно в черте городов, но затем их стали переносить за пределы городских линий. Выбор мест для кладбищ тщательно продумывался градостроителями, о чём свидетельствуют проекты планировок русских городов и крупных населённых пунктов.
Содержание и охрана кладбищ оплачивались из городского бюджета. Крупные некрополи нередко поддерживались монастырями. На некоторых из них возводили внушительные православные храмы, но чаще — часовни. Зажиточные горожане покупали участки земли для семейных склепов и погребений.
Сельские некрополи, напротив, отличались скромностью. Так, чиновник особых поручений (впоследствии известный писатель) В. В. Крестовский, проезжая через село Чиназ на старинном тракте Ташкент — Самарканд, в своём путевом дневнике отметил, что местная церковь «снаружи более похожа на провинциальный склад, чем на храм», а русское кладбище, обнесённое глинобитной стеной, выделялось лишь несколькими деревянными шестиконечными крестами. Л.И Жукова