«Яндекс Еда» была создана на базе сервиса доставки еды из ресторанов Foodfox, основанного в 2016 году Максимом Фирсовым и Сергеем Полиссаром и приобретённого «Яндексом» в 2017[6][7]. Собственное приложение «Яндекс Еды» заработало в начале марта 2018 с доставкой по Москве[8]. Сервис доставки вошёл в структуру «Яндекс Такси». В мае компания объединила его с российским бизнесом Uber Eats[8][9][10][11]. В июне «Яндекс Еда» запустилась в Санкт-Петербурге[12].
В июне 2019 года под руководством Ильи Красильщика была запущена «Яндекс Лавка» — сервис доставки продуктов, готовой еды и товаров для дома из дарксторов. К 2021 году у «Лавки» было 270 локальных складов в городах России[13][14][15][16][17].
В сентябре 2019 года «Яндекс Еда» начала работать в Казахстане[18], с июня 2021 года — в Беларуси[19][20], с марта 2023 года сервис запустился в Узбекистане под брендом Yandex Eats[21].
С апреля 2020 года «Яндекс Еда» предложила доставку продуктов из магазинов, первым партнёром этого направления стала сеть «Азбука вкуса»[22][23].
В период пандемии COVID-19 в «Яндекс Еде» появились бесконтактная доставка и электронные чаевые (оплата наличными, напротив, была отключена)[24][25], была введена ускоренная процедура подключения ресторанов к платформе за 1 день[26]. С июня 2021 года «Яндекс Еда» добавила возможность оплаты картой при получении заказа[27][28].
В марте 2020 года «Яндекс Еда» была добавлена в «Яндекс Go» — суперприложение, объединяющее сервисы такси, каршеринга, грузоперевозок, доставки еды и продуктов[29][30].
С 12 августа 2021 года в Сочи и Адлере «Яндекс Еда» начала доставлять заказы ко входам на городские пляжи[31].
4 октября 2021 года генеральным директором «Яндекс Еды» назначен руководитель продуктового направления «Яндекс Go» Роман Маресов[32].
В середине октября 2021 года Яндекс стал партнером гида MICHELIN в Москве[33], а в «Яндекс Еде» появился фильтр MICHELIN для отображения ресторанов, рекомендованных гидом[34].
В 2022 году стало известно о предложении технологических решений для ресторанов. Так в 2022 году компания предложила ресторанам оплату по QR-коду в зале в сервисе «Чек» и договорилась с сервисом «Нетмонет» о сотрудничестве, чтобы внедрять электронные меню, чаевые и пр.[35][36]
В марте 2025 года «Яндекс Еда» запустила доставку бытовой техники и электроники (например, смартфонов и ноутбуков) за исключением крупногабаритных товаров, в частности, из сети магазинов «М.Видео»[37].
