В июне 1918 г. в Нижнем Новгороде началось формирование Волжской военной флотилии. Это было время, когда в Поволжье стремительно разгоралось пламя Гражданской войны. Захват восставшими чехословацкими легионерами Самары нарушил регулярное судоходство по одной из главных водных артерии страны, и промышленный центр оказался отрезан от ведущих зерновых районов юга России и кавказской нефти. Войска Народной армии Комуча (самарского эсеровского правительства) при поддержке чехословаков создавали в Среднем Поволжье плацдарм для наступления на Москву. Для борьбы с контрреволюцией 13 июня был образован красный Восточный фронт, ставший в то лето главным фронтом Гражданской войны.
Для помощи своим войскам советское правительство решило сформировать Волжскую военную флотилию. Базой ее формирования стал Нижний Новгород, где имелся крупный речной порт, судостроительные и другие заводы. Организационная работа была возложена на 25-летнего балтийского матроса, большевика Николая Маркина, который как комиссар получил самые широкие полномочия, а всем советским, военным и военно-морским властям, а также общественным организациям было предписано оказывать ему всякое содействие.
Флотилию формировали из мобилизованных судов. Побывав на нижегородских заводах, Маркин пришел к выводу, что вооружать суда могут лишь два предприятия — «Сормово» и «Теплоход». Вооружение и оборудование доставляли туда также из Петрограда и Кронштадта. Экипажи кораблей комплектовали из военных моряков, солдат-артиллеристов, членов команд мобилизованных судов и гражданского населения. В Нижний Новгород прибыл эшелон с 300 матросами Черноморского флота. Вместе с балтийскими моряками они составили костяк будущей флотилии, в ряды которой вошли также летчики воздушной бригады особого назначения морского ведомства. Впрочем, кадровых военных моряков все равно не хватало, поэтому на службу зачисляли речников: бывших матросов и кочегаров волжских пассажирских и грузовых пароходов, портовых грузчиков и рабочих Сормовского завода.
Для использования в качестве боевых единиц подбирались буксиры, катера и пароходы с рабочими машинами и небольшой осадкой. Работами по их вооружению руководили присланные из Петрограда и Москвы инженеры. В переоборудовании судов рабочим помогали моряки. В местах установки орудий разбирали палубы, ставили усиленный набор, делали усиленные фундаменты под орудия, крепили пушки и пулеметы. Полностью разбирали и переделывали помещения внутри судна. Устраивали снарядные погреба, проверяли и ремонтировали главные и вспомогательные механизмы и устройства, заменяли оснастку и такелаж.
Реввоенсовет торопил с окончанием формирования флотилии, которая должна была помогать красным войскам в ходе наступления на Казань, Симбирск и Самару. В.И. Ленин лично занимался вопросами усиления флотилии кораблями из состава сил Балтийского флота, распорядившись отправить на Волгу четыре миноносца — «Прыткий», «Прочный», «Ретивый» и «Поражающий». Первые три корабля шли через Мариинскую систему своим ходом, четвертый вели на буксире. Чтобы миноносцы преодолели шлюзы, на них демонтировали орудия, сняли боекомплект, разгрузили уголь, перенеся все это на речные баржи, спустили воду из машинных котлов. В Сормово миноносцы за двое суток были вновь приведены в боевую готовность.
Был также сформирован авиационный отряд, вооруженный четырьмя летающими лодками М-9, которые базировались на нефтяной барже с приспособлениями для приема гидропланов и спуска их на воду. 23 августа 1918 г. заместитель наркомвоенмора Федор Раскольников был назначен командующим Волжской военной флотилией, а Николай Маркин стал его заместителем.
Изначально в состав Волжской флотилии вошло восемь канонерских лодок, четыре миноносца, пять пароходов, две плавучие батареи (артиллерийские баржи), авиатранспорт «Коммуна» с буксиром и пароходом для личного состава, два вооруженных винтовых катера. Наиболее известной из импровизированных канонерских лодок флотилии считается «Ваня» (№ 5), на которой держал флаг Маркин. Это был речной колесный паровой буксир постройки 1905 г., вооруженный двумя 75-мм и одним 37-мм (позднее 47-мм) орудиями и шестью (позднее 12-ю) пулеметами. Модель этого судна представлена в зале №5 нашего музея.
Флотилия успешно действовала в ходе боев за Свияжск в конце августа 1918 г., а в начале сентября сыграла важную роль во взятии Казани: высаженный на причалы десант при поддержке артиллерийского огня канонерок атаковал город со стороны реки, чем помог войскам 2-й и 5-й армий в успешном проведении операции. Отличившимся кораблям решили присвоить новые революционные имена. Так пароход «Ольга» был переименован в «Авангард революции», канонерка «Царицын» — в «Товарищ». «Ваня» должен был именоваться «Ваня-коммунист», но официально получить это название он так и не успел.
1 октября 1918 г. на Каме при проведении разведки у села Пьяный Бор (ныне Красный Бор) «Ваня» и миноносец «Прыткий» внезапно попали под огонь хорошо замаскированной артбатареи. Первые же снаряды уничтожили кормовое орудие на «Ване» и повредили машину. Потерявшую ход и управление канонерку охватило пламя. Маркин приказал экипажу покинуть судно, а сам огнем из пулемета прикрывал спасавшихся вплавь моряков. Среди подобранных из воды 48 человек его не оказалось. «Погиб Маркин с его огненным темпераментом, нервным, почти звериным угадыванием врага, с его жестокой волей и гордостью, синими глазами, добротой и героизмом», — писала участница тех событий, журналистка Лариса Рейснер.
В память о комиссаре Волжской флотилии канонерка «Добрый» 7 февраля 1919 г. была названа «Товарищ Маркин», а название «Ваня-коммунист» получил другой корабль – речной колесный паровой буксир «Дегтярев». Он участвовал во многих сражениях Гражданской войны, в мирное время снова работал буксиром на Волге и погиб во время Великой Отечественной войны в мае 1943 г., подорвавшись на мине.
В ноябре 1918 г. четыре красные флотилии, действовавшие на Волге и Каспии, были переформированы в две: Волжскую (для действий на Верхней Волге и Каме) и Астраханско-Каспийскую. В августе 1919 г. их объединили в одну — Волжско-Каспийскую флотилию, которую расформировали в июле 1920 г. после ликвидации последней на этом театре военных действий белогвардейской базы в персидском порту Энзели.