Аниме «Токийский гуль» рассказывает историю студента колледжа по имени Кэндэй Кудзэ, который после нападения Гуля чудом остаётся жив благодаря вмешательству другого Гуля — Ризе Какури. Он спасает парня, поделившись с ним своей «Кьюби» — веществом, которое превращает людей в кровожадных монстров. Так Кэндэй становится полугулем и присоединяется к команде «Куинкс», члены которой занимаются уничтожением диких Гулей.
Однажды в Токио учёный по имени Макото Хинами проводит эксперимент, в ходе которого случайно открывает врата в иной мир, откуда проникает странное вещество под названием «Кьюби». Попав в человеческое тело, оно превращает своего носителя в кровожадного монстра, известного как Гуль. Эти существа убивают людей и поедают их плоть, чтобы поддерживать свою жизнедеятельность. Гули обладают невероятной силой и скоростью, а также способны к регенерации. Они живут стаями и охотятся на людей.
Студент колледжа Кэндэй Кудзэ становится жертвой одного из таких Гулей. Его спасает другой Гуль по имени Ризе Какури, который делится с ним своей «Кьюби», превращая его в полугуля. Теперь Кэндэй может использовать способности Гулей, но при этом сохраняет человеческую сущность. Он присоединяется к команде «Куинкс», которая занимается уничтожением диких Гулей.
По мере развития сюжета Кэндэй узнаёт больше о мире Гулей и о том, как они взаимодействуют с людьми. Он также встречает других полугулей и узнаёт о существовании организации CCG (Отдел по борьбе с гулями), которая занимается контролем численности этих существ. В конце концов Кэндэй понимает, что его жизнь неразрывно связана с миром Гулей и что он должен найти своё место в нём.