В Первой лиге после демарша Грузинской ССР осталось 20 команд. Торпедо Кутаиси и Динамо Батуми отказались выступать в чемпионате. Сухумское Динамо, несмотря ни на что, с небольшим опозданием все же включилось в турнир. Из-за уменьшения количества команд в Высшей лиге было решено, что по итогам чемпионата сразу три команды получат повышение в классе, а четвертая поборется за это с занявшей последнее место в главном дивизионе. В 1991 г. по плану количество команд в Первой лиге планировалось снова увеличить до 22. В связи с этим вылетать по итогам турнира 1990 г. должна была только одна команда, а подняться вместо нее – целых шесть.
Московский Локомотив первым из команд Первой лиги принял старт. В матче 1/4 финала Кубка СССР 1989/90 гг. железнодорожники 19 марта сыграли в дерби с Торпедо, победили 2:0 и вышли в полуфинал.
Матчи первого тура прошли 6-8 апреля, но перед этим, 2-3 апреля, состоялось два матча 11-го тура. Как и в Высшей лиге, переделывать календарь первого круга не стали, в результате чего у всех команд появились «окна». Спартак Орджоникидзе, Котайк и сухумское Динамо свои первые матчи провели только 17 апреля в третьем туре. Из этого следует, что просто набранные очки на текущую дату полностью не могли отражать ход борьбы в первой половине чемпионата.
17 апреля в полуфинале Кубка Локомотив в серии пенальти победил столичное Динамо и вышел в финал.
Три победы в первых матчах одержал запорожский Металлург. В следующих матчах команда сбавила темп, но первую строчку по итогам апреля удержать смогла, хотя после четвертого тура Геолог смог обойти запорожцев, но через три дня произошла обратная «рокировка».
2 мая в финале Кубка СССР 1989/90 гг. Локомотив разгромно уступил киевлянам со счетом 1:6, но сравнивая силы двух финалистов, удивляться особо было нечему.
В этот же день прошли матчи 1/32 кубка СССР 1990/91 гг. Команды, прошедшие в 1/16 финала ждала встреча с командами Высшей лиги в двух матчевом поединке. Сетка турнира была сверстана еще зимой, поэтому командам, которые должны были встретиться с Динамо Тбилиси, Жальгирисом и Гурией, играть не пришлось, они сразу же попали в 1/8 финала. Этими командами стали московский Локомотив, ставропольское Динамо и ярославский Шинник.
После завершения матчей первой декады мая в лидирующей группе оказались кроме выше упомянутых команд еще Кайрат и Шинник.
К концу мая на первое место вышел Спартак. Динамо Ставрополь и Шинник, сыграв на матч больше, пристроились в таблице вслед за ним. Металлург и московский Локомотив тоже были рядом, причем по потерянным очкам находились даже в лучшем положении.
7 июня прошли матчи 14-го тура. Всего туров в первом круге было запланировано 22. 10 июня в перенесенных матчах по 2 очка набрали столичный Локомотив и Пахтакор. Группа лидеров, пока из пяти команд, начала образовываться.
К концу июня на первых двух строчках с 24 очками были Спартак и Металлург. Позади них шла целая группа команд, из которых пока лучшие шансы в борьбе за путевку наверх имели динамовцы Ставрополя.
14 июля прошли матчи 22-го тура и несыгранными были только четыре матча.
Круг претендентов на повышение пока не был ярко выражен. Можно было только отметить Спартак, который одержал больше всех побед и меньше всех проиграл, забив намного больше других.
20 июля Орджоникидзе был переименован и стал называться Владикавказ.
Матчи второго круга начались 4 августа, тремя днями ранее пропущенный матч сыграли Кайрат и Кубань.
К концу августа стало ясно, что за 3-4 места будут бороться команды, занимающие на данный момент места с третьего по шестое. Также стало уже проясняться ситуация в нижней части таблицы. Кузбасс почти не набирал очков.
К концу сентября уже почти определилась тройка команд, которым предстоит подняться в Высшую лигу. Намного острее ожидалась борьба за четвертое место, которое предопределяло участие в стыках.
К середине октября определилась тройка команд, которым предстояло выявить участника стыковых матчей. У Шинника и ставропольского Динамо после 34 матчей было по 40 очков, у Локомотива – 39, но матч в запасе.
17 октября спартаковцы Владикавказа победили дома Кубань и гарантировали себе выход в Высшую лигу.
21 октября Локомотив в Сухуми проиграл местному Динамо в перенесенном матче 2-го тура и не смог обойти ставропольское Динамо и Шинник. Кроме этого, вследствие потери очков москвичами вторую путевку наверх завоевал Металлург.
25 октября третья путевка, ожидаемо, попала во владения ташкентского Пахтакора. Это случилось после домашнего разгрома ими нижегородцев, которые стали таковыми всего-то три дня назад после переименования Горького в Нижний Новгород.
Перед последним туром на четвертом месте находился Шинник с 46 очками. На очко меньше было у столичных железнодорожников, у Динамо из Ставрополя – на два.
4 ноября в 41-м туре Шинник в Тюмени проиграл Геологу 0:1, Локомотив со счетом 5:0 обыграл Кузбасс, а ставропольцы – 4:1 – Ростсельмаш.
В итоге Локомотив попал в стыки с Ротором. 11 ноября в Москве железнодорожники победили со счетом 3:1, а в Волгограде 17 ноября хоть и проиграли 0:1, но все же по сумме двух матчей вышли в Высшую лигу.
Статистика матчей чемпионата в номинации «хозяева - гости»: