Палеогенетики исследовали многочисленные останки древних людей из археологического памятника Жаботикаба-II, который находится на юго-востоке Бразилии. Из четырех образцов возрастом около двух тысяч лет они выделили ДНК бледной трепонемы хорошей сохранности. Последующий анализ геномов этих бактерий показал, что среди современных подвидов они наиболее близки к возбудителю беджеля. Об этом сообщается в статье, опубликованной в журнале Nature.
Четыре подвида бледных трепонем (Treponema pallidum) вызывают у людей такие заболевания, как сифилис, пинта, беджель и фрамбезия. До сих пор нет ясного понимания, когда и в каких регионах человек начал страдать от этих патогенов. Например, долгое время считалось, что сифилис оказался в Европе после возвращения из Нового Света экспедиции Христофора Колумба. Однако впоследствии появились свидетельства, что и европейцы, и азиаты могли страдать от этой болезни за сотни лет до начала эпохи Великих географических открытий. При этом молекулярные исследования допускали, что эти люди были заражены ранее неизвестным подвидом бледной трепонемы, который отличался от современных.
В 2022 году палеопатологи описали древнейший вероятный случай сифилиса, обнаруженный в Америке. Тогда они исследовали останки четырехлетнего ребенка, которого похоронили в бразильской пещере Лапа-ду-Сантуш не меньше 9400 лет назад. На его костях черепа, конечностей и зубах присутствовали патологические изменения, характерные для врожденного сифилиса. Однако о молекулярных исследованиях этих находок ученые не сообщали.
На этот раз группа ученых из Австрии, Бразилии, Испании и Швейцарии под руководством Верены Шюнеманн (Verena Schuenemann) из Цюрихского университета исследовала останки людей, умерших больше тысячи лет назад. Их обнаружили во время раскопок археологического памятника Жаботикаба-II, который находится на юго-восточном побережье Бразилии. В общей сложности они изучили 99 образцов, часть которых демонстрировала признаки инфекционных заболеваний, включая трепонематозы.
Затем ученые провели молекулярное исследование находок, которое показало, что в 37 образцах, возможно, содержится ДНК бледных трепонем. Достаточное для анализа количество генетического материала бактерий содержалось в костях четырех человек, живших около двух тысяч лет. Причем в двух случаях признаки инфекционных заболеваний были видны и на самих останках.
Палеогенетики прочитали геномы этих бактерий со средней глубиной покрытия от 2 до 33,6 раза, а затем сравнили последовательности ДНК с референсными геномами различных подвидов бледных трепонем. Оказалось, что генетически древние бактерии из Бразилии немного отличались от современных. При этом филогенетический анализ показал, что они наиболее близки к подвиду Treponema pallidum endemicum — возбудителю беджеля. Сегодня это заболевание встречается в основном в засушливых районах Восточного Средиземноморья и некоторых странах Африки. Вероятно, это говорит о том, что инфекции, подобные беджелю, в древности были географически более распространены и встречались в Южной Америке задолго до прибытия туда выходцев из Старого Света.
Методы палеогенетики продолжают совершенствоваться. Например, совсем недавно ученые сообщили, что разработали инструмент, позволяющий выявлять различные анеуплоидии в древних геномах. В частности, это помогло найти древнейших людей с синдромами Дауна и Шерешевского — Тёрнера. Оба этих человека жили в Британии еще в железном веке.