Дальнейшее продвижение персов в Европе было замедлено восстанием ионийцев в 499 г. Восстание охватило также города на берегах Пропонтиды. Лишь в 493 г. восстание удалось подавить. Согласно Геродоту, после покорения Ионии «персидский флот взял курс на Геллеспонт и захватил все города на левой его стороне при входе в пролив. Города же, лежащие на правой стороне, были уже захвачены персами с суши. А на европейской стороне Геллеспонта находятся следующие местности: Херсонес с большим числом городов, затем город Перинф, укрепленные места во Фракии, потом Селимбрия и Византий. Жители Византия и жившие на противоположном берегу калхедоняне не стали ждать нападения финикиян. Они покинули свои города и отплыли в Евксинский Понт. Там они поселились в городе Месамбрии» (Hdt. VI, 33).
Из этого лаконичного сообщения мы видим, что персидская власть во Фракии фактически пала, возможно ограничиваясь лишь несколькими базами, такими как Бориза. Даже Дориск, судя по всему, на какое-то время вышел из-под власти персов: именно здесь высадили ионийцы восставших пеонов, возвращавшихся на родину (Hdt. V, 98) То, что византийцы и калхедоняне бежали от персов в Месембрию, указывает на то, что берега Бургасского залива, где проживали нипсеи и скирмиады, признавшие власть Дария во время скифского похода, более персам не подчинялись (Блаватская 1952: 47). В пользу этого говорит и тот факт, что за три года до подавления Ионийского восстания во Фракию вторглись скифы, добравшиеся без особых препятствий вплоть до Херсонеса Фракийского, откуда они изгнали тирана Мильтиада Младшего (Hdt. VI, 40). Из рассказа Геродота создается впечатление, что после неудачного вторжения Дария в Скифию в 513 г., преследуя отступающего царя, скифы вторглись во Фракию, дойдя до Херсонеса Фракийского. Однако некоторые детали этого описания позволяют сделать вывод, что на самом деле скифское вторжение на Балканы имело место спустя значительный промежуток времени. Во-первых, Геродот ничего не сообщает о столкновении скифов, якобы преследующих отступающего Дария, с персами. Между тем, во Фракии Дарий оставил 80-тысячное войско во главе с Мегабазом, которое продолжало покорять фракийское побережье. Во-вторых, противостояние скифов персам, судя по описанию Геродота, должно было крайне негативно сказаться на скифском хозяйстве, а значит, жителям Северного Причерноморья требовалось какое-то время для того, чтобы восстановить экономику. Наконец, в-третьих, сам же Геродот связывает появление скифов на Фракийском Херсонесе с событиями Ионийского восстания 499-493 гг.: тиран Херсонеса Мильтиад Младший бежал при их приближении за три года до его повторного бегства уже от персов (493 г.[1]), то есть в 496 г. (Hdt. VI, 83); скифы, собираясь вторгнуться в Азию, вели переговоры со спартанским царем Клеоменом, но спартанцы не поддержали эту идею и поход не состоялся (Hdt. VI, 83). Клеомен по преданию сошел с ума, научившись пить «по-скифски», не разбавляя вино водой, во время переговоров о совместных действиях против персов (Hdt. VI, 84) (Агбунов 1989: 170). Не менее показательны события на Стримоне. В первый год восстания именно сюда направились пеоны. В 497 г. вождь Ионийского восстания, опасаясь поражения, решил укрепиться в эдонском Миркине, где в итоге погиб, воюя с фракийцами (Hdt. VI, 126; Thuc. IV, 102). Из всего вышесказанного со всей очевидностью следует, что дело персов во Фракии после подавления Ионийского восстания пришлось начинать практически с нуля.
Новое покорение фракийского побережья и Македонии было довершено Мардонием, назначенным Дарием командующим во время первого похода на Элладу. В 492 г. флот и сухопутное войско двинулись против Афин и Эретреи, для того, чтобы наказать их за поддержку восставших в 499 г. ионийцев. По пути персы подчиняли свободные еще города и народности. Мардонию покорился Фасос, затем Аканф на Халкидике, но у Афона флот попал в шторм и был уничтожен. Сухопутная армия добралась до Македонии, где подверглась ночному нападению со стороны фракийцев – бригов у горы Бермион. Несмотря на тяжелые потери, Мардонию удалось подчинить македонские племена персидской власти. К сожалению, об участии в этом деле македонских царей нам ничего не известно, но они явно сохранили свое положение преданных соратников Ахеменидов. Ввиду потерь Мардоний не мог более продолжать свой поход и был вынужден вернуться в Азию. Главным итогом этой кампании стало восстановление персидской власти на северном побережье Эгеиды (Hdt. VI, 43-45). Следующим эпизодом Греко-персидских войн стал поход Датиса и Артаферна против островов Архипелага и Афин в 491 г., завершившийся разгромом персов при Марафоне (Hdt. VI, 94-120). Впрочем, это не помешало персам пленить эритрейцев и подчинить себе острова Эгейского моря.
После умиротворения геллеспонтийских городов персы начинают восстанавливать свою власть на южном побережье Фракии, но о подобных попытках в северном направлении ничего не известно. Между тем, в годы Ионийского восстания отсюда исходила прямая угроза персидским владениям в лице скифов (Hdt. VI, 40). Можно предполагать, что, утратив фактический контроль над гетами и другими племенами западнопонтийского побережья, персы передали формальные права на этот регион одрисам, которым он принадлежал позднее. Каким образом последним удалось реализовать это право, наши источники умалчивают. Это наводит на мысль, что отношения одрисов с персами строились по той же схеме, что и отношения персов с македонянами. Македония сохраняла в составе державы Ахеменидов значительную долю независимости. При Дарии были оформлены какие-то союзнические отношения македонян с Ахеменидами, скрепленные браком дочери царя Аминты со знатным персом Бубаром, возглавлявшим персидское посольство в Македонию (Hdt. VIII, 136). Позднее царь Александр I получил от персидского царя Ксеркса разрешение на подчинение всех фракийских земель до реки Стримон (Just. VII, 4, 1). Наиболее вероятно, что мандат на завоевание соседних фракийских областей Александр получил от Ксеркса после того, как власть персов в этом регионе была фактически ликвидирована, поскольку во время вторжения Ксеркса в Элладу и после его отступления захваченные македонянами земли были еще независимыми от македонского царя. При отступлении персидского войска македоняне, в отличие от тех же фракийцев, сохранили свою лояльность Ахеменидам (Hdt. VIII, 126; IX, 89). Это могло стать причиной того, что Великий царь предпочел иметь дело на этом участке своих потерянных владений с одним проперсидски настроенным властителем. О Македонии в период господства Ахеменидов: Саракински 2013: 115 след. Двумя десятилетиями ранее аналогичная ситуация сложилась на восточном побережье Фракии. После того, как персидская власть над западнопонтийским побережьем пала, одрисы могли воспользоваться положением союзников Ахеменидов, как и цари Македонии, для укрепления своей власти над племенами внутренних областей Фракии (Топалов 2014: 365 и след.). Одрисы могли заключить некое соглашение, скрепленное брачным союзом, по которому получали разрешение Дария или же признание Ахеменидами уже осуществившегося подчинения племен, еще недавно покоренных персами на востоке Фракии. В нашем распоряжении нет прямых указаний на династический союз между одрисами и персами, однако косвенные доводы в пользу этого есть. 1) Предполагать нечто подобное можно, исходя из самой дипломатической практики того времени и конкретных примеров из истории Македонии и одрисов (Hdt. IV, 80; Hdt. V, 21; Thuc. II, 101, 5), однако эти примеры указывают, что скорее одрисы бы выдали свою царевну за персидского аристократа. Впрочем, исключать того, что одной из жен одрисского царя (Тереса?) могла стать знатная персиянка, также нельзя. 2) След гипотетического брачного союза с представительницей персидской аристократии возможно был обнаружен в одной из гробниц близ погребального комплекса у с. Дуванлий. В ранних женских погребениях были обнаружены изящные персидские сосуды и бижутерия из драгоценных металлов, а в погребении близ с. Даскал Атанасовского района Старозагорской области были обнаружены два золотых фиала персидского происхождения, датируемые серединой VI в. 3) Царские имена. С персидским (шире – иранским) влиянием некоторые исследователи связывают появление целого ряда т.н. «царских имен». К ним относятся «Спарадок», «Спарток», «Медок, «Амадок», «Садок», «Берисад» («Перисад»), «Садал», «Сараток». В отношении некоторых имен, у которых предполагается иранское происхождение, существуют другие варианты, например, «Берисад/Перисад» рядом исследователей считается фракийским именем. А главное, фракийские «царские имена» не встречаются в таком же виде у персов (исключение, сомнительная связь между именем «Берисад/Перисад» и именем персидской царицы вавилонского происхождения Парисатиды) (Гиндин 1981: 62-63; Крыкин 1993: 78-79; Тачева 2006: 25).