XVI век также стал для Дортмунда насыщенным событиями временем: реформация и контрреформация были выражением кризиса мысли и действия — они потрясли город.
С 1527 года реформаторские усилия граждан Дортмунда были очевидны, после того как часть городского духовенства уже последовала реформаторским усилиям с 1518 года.
Тем не менее, Реформация поначалу не имела реального успеха в Дортмунде: долгое время люди придерживались гуманистического духа Эрасмуса Роттердамского, чтобы предотвратить конфессиональный раскол в городе.
Основание Дортмундской гимназии в 1543 году также произошло благодаря этим усилиям; школа, которая в то время была своего рода небольшим университетом, имела национальное влияние и продвигала этот путь.
Только в 1570 году город стал протестантским через совет, но как имперский город он всегда терпел католическое меньшинство, проводившее службы в католических городских монастырях.
Религиозные конфликты в Германии привели к Тридцатилетней войне (1618–1648):
Лютеранский город Дортмунд с католическим императором в качестве городского правителя стал врагом всех воюющих сторон и поэтому был единственным имперским городом в Вестфалии, особенно пострадавшим от войны.
Попытки города сохранить нейтралитет не увенчались успехом.
С 1630 года Дортмунд постоянно был оккупирован сменявшимися партиями и был обязан содержать оккупационные войска.
Источники жалуются без разбора на все воюющие стороны. Подписание Вестфальского мира в Мюнстере в 1648 году (мир также подписал имперский город Дортмунд) не принесло никакого облегчения.
Городу пришлось не только выплатить имперские налоговые долги, но и собрать 7000 рейхсталеров в качестве компенсации за шведские войска, расквартированные в городе и графстве Дортмунд.
Сумма не была выплачена до 4 апреля 1650 года — именно столько пришлось содержать оккупационные войска.
Имперский город уже не мог оправиться от ущерба, нанесенного войной: половина жилых домов города была разрушена, а выплата военных долгов города в размере более 250 000 рейхсталеров привела к разрушению экономики города.