В Новгородской первой летописи упоминается, что церковь Никиты Мученика на Никитинской улице в Плотницком конце полностью сгорела при пожаре в мае 1368 г. Вместе с большей частью города. Затем встречается запись о том, что в 1378 г. этот храм возведён заново.
В 1406 г. церковь снова перестроили
, теперь она уже каменная. Этот храм проработал 108 лет. Следующая перестройка началась уже в 1555 г. Историки связывают это с тем, что храм располагался недалеко от Государева двора Ивана Грозного, и, вероятнее всего, на то был царский указ, однако доказательств, что заказчиком строительства был Грозный – нет. В 1556 г. церковь была освящена.
Закончилось строительство в 1562 г., а в 1571 г. Иван IV посетил церковь Никиты Мученика вместе с сыновьями Иваном и Фёдором.
В 1722 г. к храму пристроили притвор – он располагается перед входом в церковь. Вторичное освящение церкви провели в 1813 г. после замены пришедших в негодность сводов накатником.
До 1980-х гг. в здании храма располагался шахматный клуб, но в 1999 г. начались работы по реставрации церкви. Археологические раскопки вокруг здания на площади ок. 640 кв. м названы «Никитинским раскопом». Благодаря ему найдено множество интересных находок с исторической ценностью:
• деловая переписка тысяцких и посадников;
• литературные произведения;
• берестяные грамоты;
• семейные распоряжения;
• актовые печати и др.
А в 2002–2004 шли раскопки рядом с храмом и обнаружили остатки деревянных сооружений, возможно это часть Государева двора Ивана Грозного.
В 2010 г. храм включили в Федеральную программу «культура России». Однако реставрация церкви до сих пор не закончена. После её завершения планируется передать храм в ведение Новгородской епархии.