В конце XI - начале XII веков русское Тмутараканьское княжество было завоёвано византийцами и в 1204 году с захватом Константинополя крестоносцами оно по наследству досталось Латинской империи, но, как говорится, дурак и деньги скоро расстаются, так случилось и на этот раз, Латинская империя быстро влезла в долги и чтобы расплатиться с ними, крестоносцам пришлось отдавать кредиторам собственные земли, в числе которых была передана генуэзцам и Тмутаракань, где они основали колонию Матрега.
Получив в результате падения Константинополя в 1204 году неограниченный доступ в Чёрное море, генуэзцы не замедлили тщательно обследовать побережье на возможность основания колонии и нашли, что Таманский полуостров как нельзя лучше для этого подходит, но это понимали и крестоносцы и стремились держать генуэзцев от Тмутаракани на почтительном расстоянии. Тогда в игру вступил генуэзский Банк Святого Георгия, который щедро раздавал Латинской империи кредиты под выгодные проценты и западноевропейские рыцари, привыкшие жить на широкую ногу, охотно их брали, в результате чего в самом скором времени они оказались в долговой кабале, из которой никак не могли выбраться и вот тогда Банк Святого Георгия предложил им передать Тмутаракань Генуэзскую республике в уплату долгов. Конечно, восторга такое предложение не вызвало, но финансы Латинской империи были в таком плачевном состоянии, что крестоносцам пришлось уступить и в 1206 году на Таманском полуострове была основана генуэзская колония Матрега.
Первые годы существования Матреги новые хозяева Тамани старались ничего не менять в уже устоявшихся за столетие порядках: Матрега находилась в совместном управлении генуэзских властей и адыгских князей, важную роль в экономической и культурной жизни генуэзской колонии играли русские купцы и ремёсленники, оставшиеся тут ещё со времён Тмутараканского княжества. Основным источником доходов генуэзской колонии Матрега стала торговля рабами с Кавказа, Крыма и Руси, что сыграло важную роль в 1220-30-х годах, когда к городу подошли монголо-татары. Генуэзцам удалось быстро наладить отношения с монгольскими завоевателями и ввести в Матреге режим совместного управления, но монгольское вторжение изменило лицо Матреги до неузнаваемости: из-за монголо-татарского вторжения город покинули местные русские, перебравшись со своими богатствами на материк и основным населением Матреги стали итальянцы, греки и адыги.
В Матреге, как в самой отдалённой из генуэзских колоний на Чёрном море, большое распространение получили смешанные браки, в результате чего возникла большая и влиятельная итальяно-адыгская община, не желавшая подчинятся ни центральной власти в Каффе, ни уж тем более далёкой метрополии, а после нашествия Тамерлана в 1395 году давно тлевший конфликт вырвался наружу, в 1460-х годах во главе сторонников полной независимости Матреги встал местный аристократ Захария Гизольфи, начавший грабить генуэзские суда. Конфликт между Каффой и Матрегой продолжался 10 лет и закончился в 1475 году вместе с завоеванием Каффы турками. Сам Захария Гизольфи пытался наладить оборону Матреги и сумел продержаться 7 лет, до 1482 года, когда он сдал Матрегу туркам, которые построили на развалинах Генуэзской колонии свою крепость Тамань.