Первые приключения знаменитых героев в панцирях.
Приключения начинаются с новостей Эйприл О'нил об ограблении трёх научных лабораторий, в которых украли высокотехнологичное оборудование, а так же эксперты подозревают в этом ниндзя.
Только окончив репортаж, Эйприл прерывают громилы, чтобы преподать урок, но она технично бросает в них камеру и решает сбежать через канализацию.
Преступники бросаются вдогонку по канализации за Эйприл. В момент, когда девушку догоняют бандиты, она спотыкается и падает. Но, внезапно, появляются герои, которые несколькими движениями расправляются с врагами. О'нил, увидев, что её спасли не люди, падает в обморок, а где-то далеко, за черепахами наблюдает сам мастер Шреддер.
Эйприл просыпается где-то в недрах канализации (в доме черепах). Она видит перед собой огромную крысу, а так же веселых четырёх черепашек, которые собираются отведать кусочек сочной пиццы.
Крыса пытается успокоить О'нил и рассказывает ей свою историю...
В Японии существует клан ниндзя под названием "Фут". Один человек по имени Хамато Йоши был хорошим человеком и их учителем. Один из студентов - Ороку Саки - хотел занять место Йоши и однажды сделал подлый шаг, из-за которого Хамато был изгнан навсегда.
Опозоренный Йоши сбежал в Америку, где стал жить в канализации, а в Японии клан "Фут", под предводительством Саки, превратился в преступную организацию.
Однажды на голову Хамато упали черепашки, а в другой прекрасный день Йоши обнаружил черепах ползающими в какой-то святящейся слизи. Это оказался мутаген, который заставлял любого прикоснувшегося принять форму существа, с которым был контакт в последний раз.
Хамато стал крысой и начал учить черепашек искусству ниндзюцу, а они стали называть его Сплинтером.
Черепашек же он назвал в честь своих любимых художников эпохи возрождения:
Донателло - с помощью обычного деревянного шеста может обезвредить любого противника.
Рафаэль - ни один меч на земле не сможет сразить его саи.
Леонардо - его искусство владения мечом не имеет равных.
Микеланджело - мастер вращающихся нунчак (и мастер вращающей пиццы).
Эйприл решает, что черепашки и есть те грабители и бежит в направлении выхода. Донателло останавливает её и говорит, что она останется с ними взаперти, пока они вместе не придумают, что с ней делать.
Вместе черепахи решают, что они найдут плохих ниндзя, а Эйприл снимет свой репортаж, только без участия черепашек.
Вернувшись на место, где черепахи спасли Эйприл, вместе они находят улику, указывающую на здание с компанией "Пицца ниндзя" и решают отправиться туда. Эйприл же на поверхности заходит в магазин одежды и грамотно маскирует черепах.
Пока черепашки перекусывали в "Пицца ниндзя", Эйприл решила начать собственное расследование и отправилась в управление безопасности Манхэттена. Там она обнаружила плохих ниндзя и отправилась к телефонной будке, чтобы позвонить боссу, но не успела, т.к. её схватили первой...