Сергей Арутюнян в 1973 году был призван в ВС СССР. Служил в Группе советских войск в Германии. После увольнения в запас работал в милиции. В 1980 году вернулся на военную службу. Участник боевых действий в ДРА в составе ММГ Термезского погранотряда.
В 1980 году поступил в школу прапорщиков погранвойск в г. Калининграде. Получив специальность командира саперного взвода, приступил к службе в Ленинаканском погранотряде в должности старшего техника инженерно-саперной роты. В конце февраля 1983 года я, в ходе ротации состава советского воинского контингента, прибыл в Афганистан — в 1-ю мотоманевренную группу (1-й ММГ) Термезского погранотряда Закавказского пограничного округа. Базировалось подразделение (более 300 человек, практически батальон) в городе Мазари–Шариф. Комвзвода был в отпуске после ранения, и мне пришлось сразу приступить к командованию инженерно-саперным взводом. Наравне со своими солдатами выполнял свои прямые обязанности - минирование, разминирование, наведение переправ.