Начало войны Яков Брюс встретил генерал-майором от артиллерии, и встретил провалом. Отправленный собирать войска в ижорскую землю он очень долго возился, что привело к тому, что Петр заподозрил его в измене (что неудивительно, при учете количества перебежчиков со стороны протестантских офицеров в начале войны). Напомним, что в гневе царь-батюшка, был пострашнее иных героев фильмов ужасов. Впрочем, Брюса часто не любили, называли казнокрадом, «хуже, чем неучем – человеком, нахватавшимся верхов», сатанистом, балбесом, верящим в чертовщину, но в его верность верили все.
Скорее «конфуз вышел» из-за сочетания ошибок свойственных человеку и объективных трудностей, про которые первое время будущий император слышать не хотел. Ошибка Брюса и гнев царя, возможно спасли его от гибели под Нарвой и даже открыли для него определенные карьерные возможности. Вместо попавшего в плен в месте с огромным количество прочих солдат и офицеров И. Ю. Трубецкого начальником Новгородского приказа. Это была очень важная должность, связанная в первую очередь с организацией с нуля артиллерии, а отнюдь не «глава исполкома в губернском городе, как пишут некоторые. Брюс де факто создал новую русскую артиллерию. Выражаясь не литературно, чувствуя критическую ситуацию для своей названной родины и оправдываясь за предыдущие «косяки», Брюс «рвал жопу».
Во время штурма Нотебурга (1702), вернувший расположения самодержца, великий артиллерист, показал мощь созданного им инструмента: 51 только осадное орудие создало в городе массовые пожары.
Артиллеристы быстро набирали опыт и при Ниешанце они уже устроили осажденным ад: крепость капитулировала после суток обстрела без штурма.
В 1704 Яков Брюс «исполняет» должность генерал-фельдцейхмейстера (формально занимаемую еще одним бедолагой, попавшим в плен во время Нарвской катастрофы: царевича Александром Имертинским). В общем, с Нарвой удачно, так вышло.
Его деятельность на этому посту единодушно оценивается современниками высоко: он разработал единую систему измерения всех частей артиллерийского орудия на основе калибра орудия, ввёл единообразные систему измерения и терминологию в артиллерийском деле, отвечал за производство боеприпасов и за их строгую приёмку при доставке в армию, участвовал в разработке новых образцов орудий и в усовершенствовании уже имеющихся, он же отвечал за обеспечение армии шанцевым инструментом
Брюс руководил артиллерий при штурме Нарвы, при Лесной и наконец при Полтаве, при штурме Риги, снискав славу выдающегося военачальника Петровской эпохи наряду с Апраксиным. Шереметьевым, Меньшиковым и самим Петром. Несомненно, значимый вклад Якова Брюса в войну с Швецией был оценен награждением высочайшим на тот момент орденом Андрея Первозванного, этаким аналогом Ордена Победы.
После провального Прутского похода, в котором Брюс тоже учувствовал, наш артиллерист в Походе в Померанию и Голштинию, где командовал объединённой артиллерий союзников (русской, саксонской и датской). Параллельно скупал мастеров и наемников в Германии, покупкой книг и художественных произведений.
В процессе всего этого чернокнижник из и. о. становится полноправным начальником артиллерии из-за смерти Имертинского
Вернувшись в Россию (хотя вернуться в постоянно строящийся Петербург, наверно тоже самое, что приехать в новую страну) Брюс занялся перепиской с европейскими географами, составлением воинского артикула (точнее его части) по результатам многочисленных приключений, собранием коллекций, а также коррупцией и откатами, за что был приговорен вместе с Меньшиковым к всяческим процедурам в стиле маркиза де Сада.
Приговор был обнародован, но не приведен в исполнение по приказу Петра (своеобразное четвертование условно).
В 1718 вместе с Остерманом пытался зародить «зайчаток разума» в мозге Карла XII на Аландском конгрессе. Карл, отличавшийся патологическим упрямством, продолжил безнадёжный конфликт.
Позже Брюс занимался делами Мануфактурной и Берг коллегий, чрезвычайно важных ведомств занимавшихся, заводами, горной промышленностью, крепостями, так же упорядочивал денежную систему России.
Вершиной карьеры для Якова стало участие в подписании Ништадского мира. Прямо мирном конгрессе Яков Брюс становится графом.
В этот момент он, наверное, был счастлив.