Третья армия вела долгие и тяжелые бои. Это привело к тому, что ослабленные и обескровленные в боях части III армии в начале декабря стали отступать к Перми. В ночь на 25 декабря III армия оставила город. Для выяснения причин падения Перми и улучшения партийной и советской работы в районе боевых действий III и II армий ЦК партии и Совет обороны назначили партийно-следственную комиссию.
При самом активном участии и поддержке Уральского обкома и Вятского губкома РКП (б), а также с помощью местных гражданских и армейских партийных организаций Комиссия ЦК в кратчайшие сроки проделала значительную работу по укреплению боеспособности советских войск, по подготовке к контрнаступлению, по оздоровлению прифронтового тыла.
Наступление других армий Восточного фронта, начавшееся в центре и на правом крыле фронта, лишило противника возможности усиливать войска, действовавшие против III армии. Стратегический план интервентов и белогвардейцев был сорван. Продолжая наступление, V армия нанесла стремительный и внезапный удар в центре и 31 декабря с боем ворвалась в Уфу.
Войска I армии разгромили белоказаков Дутова, заняли 22 января 1919 г. Оренбург и соединились с войсками Туркестанской Советской Республики. 24 января 1919 г. успешно наступавшие войска IV армии освободили Уральск. Зимой 1918—1919 гг. войска VI армии нанесли решительный удар по Шенкурской группировке интервентов. Боясь полного окружения и разгрома, англо-американские оккупационные войска поспешно покинули Шенкурск.
25 января 1919 г. в город вступили советские войска. Этой победой Красная Армия положила начало полного освобождения Советского Севера от иностранной оккупации. Во второй половине 1918 г. важнейшее значение для Советской республики приобрел Южный фронт. В написанной В. И. Лениным и принятой ВЦИК 22 октября 1918 г. резолюции указывалось: «На укрепление Южного фронта, на создание и вооружение несравненно более могучей Красной Армии, чем теперь, необходимо обратить самое усиленное внимание».
В начале ноября 1918 г. белоказачья армия Краснова нанесла сильный удар по частям VIII и IV армий и стала стремительно продвигаться на север. 26 ноября ЦК РКП (б) наметил ряд неотложных мер по укреплению Южного фронта. По указанию ЦК партийные организации Москвы, Петрограда, а также ряда прифронтовых губерний провели новые массовые мобилизации коммунистов. Были приняты меры к укреплению партийно-политических органов фронта.
На Южный фронт прибыла Московская рабочая дивизия, укомплектованная рабочими столицы; с Восточного фронта были срочно переброшены прославленные в боях Инзенская и Уральская дивизии. Прибытие подлинно регулярных, в высшей степени боеспособных и морально стойких воинских частей оздоровило фронт, подняло настроение бойцов. Соотношение сил на Южном фронте изменилось в пользу Красной Армии. В начале января 1919 г. началось стремительное контрнаступление советских войск. Ломая ожесточенное сопротивление белоказаков, красноармейцы успешно продвигались на юг, освобождая города и десятки населенных пунктов. Наступление слилось с ударами, которые наносили врагу с тыла восставшие рабочие и трудящиеся крестьяне.