Центральное место на конференции заняла германская проблема. Было принято решение о полном разоружении и демилитаризации Германии, упразднении всех ее вооруженных сил, СС, СА, СД и гестапо, ликвидации военной промышленности.
В тоже время преду- сматривалась реконструкция политической жизни Германии на демократической основе (восстанавливалась деятельность демократических партий, в т. ч. и коммунистической).
В решениях Берлинской конференции говорилось, что союзные державы «не намерены уничтожить или ввергнуть в рабство немецкий народ».
В Потсдаме, в отличие от Крымской (Ялтинской) конферснции 1945 г., не рассматривался вопрос о расчленении Германии.
Однако на тот момент и СССР и США, поддерживаемые Великобританией, рассчитывали подчинить себе Германию целиком, поэтому принимали идею сохранения единого немецкого государства.
По мере того как в Москве и Вашингтоне стали осознавать невозможность вытеснения недавнего союзника из Германии, на первый план вышла идея создания "двух Германий".
Было принято решение о подготовке и скорейшем проведении суда над главными нацистскими преступниками.
Специально для управления Германией был создан Контрольный совет, осуществлявший коалиционный контроль со стороны, держав победительниц СССР, США, Великобритании и Франции.
На конференции обсуждалась проблема малых стран Центральной и Восточной Европы.
Румыния, Венгрия и Болгария были освобождены советскими войсками. Сформированные там правительства стояли просоветских позициях. США настаивали на реорганизации правительств этих стран, однако советская делегация заняла непримиримую позицию. Разногласия возникли при обсуждении вопроса о репарациях
Однако СССР и США удалось выработать компромиссное решение: Союз получал репарации из своей зоны оккупации и за счет германских вложений за границей (а также дополнительно из западных зон).
По вопросу о польско-германской границе было принято предложение И. В. Сталина (граница по Одеру—Нейсе) , хотя У. Черчилль решительно выступал против расширения Польши на запад. К Польше отходили также Данциг (Гданьск) и большая часть Восточной Пруссии. Кёнигсберг (с 1946 Калининград) с прилегающим к нему районом передавался СССР.
Советской стороной было подтверждено обязательство об участни СССР в войне против Японии
На конференции президент США Г. Трумэн сообщил И. В. Сталину о том, что в США создана атомная бомба