В 1368 году уцелевшие во время Восстания красных повязок монголы вернулись на свои родовые земли в центре Азии, которые уже порядком запустели. Все попытки последнего императора Юань Тогон-Тэмура, благодаря "мудрым" решениям которого монголы со страшным треском вылетели из Китая, сохранить единое Монгольское государство, окончились полным провалом, возродились порядки дочингисхановой эры, только в худшей форме. Со временем сложились три центра силы, вокруг которых могло начаться воссоединение Монголии: Халха-Монголия, Южная Монголия и Джунгария. Казалось, все шансы на победу имеются у Южной или Внутренней Монголии, но единое государство там так и не возникло, а в XVII веке на эти земли пришёл завоеватель, более жадный и коварный, чем когда-то монголы.
После возвращения монголов в Монголию южную её часть поделили между собой 12 царевичей из династии Чингисидов, но вскоре размеры полученных ими улусов показались им недостаточными и они передрались между собой, погрузив Южную Монголию в пучину войн как междоусобных, так и с Китаем. В XV веке их без особого труда завоевало Ойратское ханство, приведшее местных монгол в чувство и на краткое время восстановившее единую Монголию, но в XVI веке всё вернулось на круги своя, разве что междоусобицы прекратились. В это же время халхаский правитель Даян-хан приступил к попыткам присоединить Южную Монголию, действуя силой и дипломатией, но все его попытки оказались безуспешны, местные монголы хранили свою независимость, также равнодушно южные монголы отнеслись и к посольству русского казака Ивана Петлина в 1618 году, пытавшегося установить дипломатические отношения с Монголией.
В начале XVII века за обьединение Южной Монголии принялся Лигден-хан Чахарский, но в это время на монгольские земли положили свой глаз маньчжуры во главе со вторым императором Цин Абахаем. Умело играя на противоречиях южных монгол, он в 1634 году на курултае добился избрания себя монгольским ханом, но, нуждаясь в воинах для завоевания Китая, он дал южным монголам автономию в составе восьмизнаменной армии, надолго лишившей их независимости.