В ходе длительного процесса эволюции системы центрального управления в начале XVII в. в России окончательно складывается приказная система. От реформ Ивана IV, когда появилась большая часть приказных учреждений, и до царствования Бориса Годунова прошло столько времени, что фактически завершал работу второй состав приказных служащих и оформлялось третье поколение дьяков и подьячих. Вместе с тем с позиции централизованного государства Смута начала XVII в. – это время тяжёлых испытаний для России: пресечение династии Рюриковичей, польско-литовская и шведская интервенция, голод и социально-экономический кризис. Господствовавший в средние века провиденциализм способствовал иному, чем сегодня, восприятию происходивших событий. Личные беды объяснялись как Божье наказание за собственные грехи, а если несчастье происходило в масштабах всего государства, то вина ложилась на того, кто стоял во главе этого государства. Особенно легко эта идея проникала в различные социальные группы в период экономического кризиса, а в эпоху Смуты ещё и кризиса династического, что подрывало в итоге понятие легитимности государственной власти и способствовало распространению самозванческих легенд. Не менее важен для понимания процессов, протекавших в системе управления Московского государства, и вопрос социальной стратиграфии. Низшие в социальной иерархии группы – крестьяне, холопы, посадские люди, т.е. податное население, практически не меняли свой общественный статус. Рассматривая положение элиты – княжеско-боярской аристократии, можно констатировать постоянные подвижки и изменения. Несомненно, определяющим для формирования государева двора в XVI–XVII вв. был принцип местничества. Именно близость по родству к правящей династии позволяла получать высшие боярские чины, а вместе с тем и массу привилегий. Вместе с тем XVI–XVII вв. в истории России – время складывания нового служилого сословия дворян и детей боярских.
В конечном итоге с отменой местничества в 1682 г. дворянское сословие, вытеснив боярство, заняло его место, превратившись в привилегированную элиту XVIII–XIX вв. Государственное управление как неотъемлемый элемент государственной власти – понятие многослойное. Получить должность в системе управления любого уровня означало быть причастным к реализации государственной политики, а значит, иметь защиту и покровительство со стороны власти. Чем выше уровень управления – тем ближе к государю. Шёл процесс становления централизованного государства, а вместе с тем и органов центрального управления – приказов, вырабатывался механизм реализации государственной политики. Таким образом, появился ещё один путь получить место в структуре государева двора – это приказная служба. В документах официального делопроизводства Разрядного приказа, в сферу компетенции которого входили назначения на государеву службу, – боярских списках – кроме остальных категорий государева двора содержатся поимённые перечни служилых людей – думных дьяков и дьяков московских приказов, составлявшиеся с учётом иерархии. Они занимали место после ясельничего, перед стольниками (1588/89 г.), после стряпчих, перед дворянами московскими (1598/99 г.), думные дьяки – перед стольниками (1607 г.) , дьяки по приказам – после стряпчих, перед дворянами московскими (1610 г.).
Таким образом, уже с конца XVI в. сохранившиеся от частых пожаров Москвы немногие списки состава государева двора наглядно демонстрируют высокое положение приказных служащих – выше дворян московских. Нестабильное положение верховной власти дало возможность сравнить функционирование центрального и местного управления в разные периоды и составить представление о существовавшей тенденции в целом. Впервые в практике русского государства избранный на Земском соборе представитель новой династии Борис Годунов, принадлежавший к роду костромских бояр и сфабриковавший себе царскую родословную, возвысился в годы опричнины и по принципу местничества не должен был занять место государя. Единственное в своём роде в России правление самозванца Лжедмитрия I – Григория Отрепьева, называвшего себя чудом спасшимся царевичем Дмитрием, – также весьма неординарное событие для институциональной традиции верховной власти. Избрание на царство одного из главных организаторов заговора против Лжедмитрия I – Василия Шуйского, принадлежавшего к старейшему суздальскому боярству, – тоже единственное в своём роде событие. Он стал всенародно избранным царём, его имя выкрикнуто из толпы. Нестабильность верховной власти правления Василия Шуйского обозначена фактически периодом двоевластия: Лжедмитрий II в Тушино называл себя царём и создал свой государев двор и систему управления. Период междуцарствия 1610–1613 гг. и вовсе показательный.
С помощью метода просопографии удалось восстановить 700 биографий дьяков и подьячих, находившихся на службе в московских приказах и приказных избах городов в период с 1598 по 1613 гг. Одновременно на службе в московских приказах могло находиться до 80 дьяков. Реконструирована деятельность более 40 московских приказов. Одна из главных проблем – плохая сохранность документов из-за многочисленных пожаров Москвы, когда горели и здания приказов. Наиболее видные дьяки входили в Думу. Это всего 4–5 человек, возглавлявших самые важные для государства приказы – Разрядный, Посольский, Поместный, Казанского и Мещерского дворца. Подьячие были, скорее, техническими секретарями, помогали дьякам в оформлении документации. Руководствовались приказные служащие в своих делах главным законодательным документом на тот момент – судебником 1550 г., а в частных вопросах – царскими указами. Однако из-за масштабов государства и огромного количества частных вопросов ни царь, ни Боярская дума не были в состоянии вникнуть во все проблемы, возникавшие в стране в сфере управления, и принять участие в их рассмотрении. Поэтому огромное количество вопросов находилось в ведении служащих приказов в Москве и тем более в городах. Решения часто принимались по их личному усмотрению. Сложилась иерархия судных приказов – Владимирский, Московский, Рязанский, Дмитровский, судивших служилых людей, неподсудных местным властям. Во Владимирском судились только думные чины. Земский и Разбойный приказы разграничивали сферу компетенции в отношении Москвы и Московской обл. Имела место практика создания территориальных ведомств.
Особым ведомством был Патриарший приказ, учреждённый после введения патриаршества в 1589 г. по примеру московских приказов. Хотя его деятельность полностью была в ведении патриархии, интересно то, что служащие приказа были в прошлом государственными дьяками. Захват власти Лжедмитрием I привёл к расколу в обществе, в том числе и среди управленцев. Многие московские дьяки прекратили свою службу в приказах по разным причинам – одни были подвергнуты опале и на их место с повышением в чине были поставлены более преданные самозванцу люди. Другие по своим убеждениям не стали поддерживать интригу лжецаря и исполнять его указы. Часть приказных служащих завершили свою карьеру по выслуге. Экономический кризис усилился в правление Василия Шуйского, что значительно снизило эффективность управления в это время. В среде приказных служащих произошёл раскол. Часть дьяков и подьячих не поддержали правительство Василия Шуйского и перешли на сторону Лжедмитрия II; в стране их назвали изменниками. Далеко не все распоряжения, посылаемые в приказные избы городов, исполнялись. Складывание тушинской администрации пришлось на осень 1608 г., когда возросла популярность самозванца, движение стало набирать силу, многие города приняли присягу «царю Дмитрию» и начался массовый переход представителей московского дворянства и служащих приказов на сторону самозванца. Система приказов Лжедмитрия II была точной копией московских приказных учреждений, но в гораздо меньшем размере – были созданы только самые необходимые для управления учреждения. После распада Тушинского лагеря часть приказных служащих перешла на сторону Сигизмунда III, а часть последовала за самозванцем, и вскоре в Калуге, а затем в Коломне были снова созданы «воровские» органы государственной власти, просуществовавшие до убийства Лжедмитрия II и распада его движения. С первых же дней принесения присяги королевичу Владиславу в среде приказных служащих раскол усилился. До декабря 1610 г. это были сторонники польского королевича Владислава, Лжедмитрия II и никуда не примкнувшие бывшие приверженцы Василия Шуйского, выступавшие за законного русского царя. С января 1611 г. это уже две оппозиционные силы: пропольское правительство бояр и сторонники формирования народного ополчения. Первые полгода, до марта 1611 г., боярское правительство в полной мере реализовывало свою управленческую функцию. После начала осады Москвы в марте 1611 г. первым ополчением деятельность правительства была парализована и власть являлась скорее номинальной. Однако ряд документов позволяет нам увидеть, что делопроизводство приказных учреждений продолжалось и во время осады – рассылались грамоты по городам, производились земельные пожалования, поддерживалась связь с королевичем Владиславом. В целом реальную власть правительство имело лишь до осады Москвы, до марта 1611 г. Образование ополчений способствовало массовым переходам приказных служащих из приказов боярского правительства Москвы в подмосковные органы власти, тем самым обнаруживая несостоятельность этого правительства. Важной особенностью функционирования второго ополчения является тот факт, что пока ополчение находилось в Нижнем Новгороде, приказные учреждения не были сформированы. Только в Ярославле были сделаны попытки образовать приказы по подобию московских. В первую очередь были учреждены те приказы, функции которых сводились к сбору различного рода пошлин и доходов, как и в случае с первым ополчением: Казённый приказ, приказ Большого дворца, четвертные, а также Поместный приказ, так как земельные пожалования были одним из главных средств награждения за службу. Проведённая реконструкция 700 биографий дьяков и подьячих позволила сделать вывод, что в начале XVII в., несмотря на всеобъемлющий кризис в Московском государстве, сложился устойчивый состав аппарата управления в лице дьяков и подьячих. Профессионализм большинства служащих не вызывает сомнений. Однако абсолютного разделения сфер политики и управления не происходило, что говорит о зависимости ранней бюрократии от государственной власти и в условиях политического кризиса.