В начале августа 1702 года эскадра из тринадцати русских кораблей, на которых находились Петр I и его ближайшая свита, совершала поход по Белому морю на Соловки. Корабли подошли к Большому Заяцкому острову, что в пяти километрах от Соловецкого архипелага и стали на якорь.
Несколько дней Петр спускался на берег Заяцкого острова. Именно тогда он отдал приказ о постройке здесь церкви в честь Андрея Первозванного, считавшегося покровителем русского флота.
Современный вид церкви отличается от первоначального облика, она разрушалась, и восстанавливалась, но и сегодня остается символичным местом для истории российского государства. Считается, что именно здесь освящался Андреевский флаг русского флота и продолжительное время моряки считали этот храм своим.
