Игрок оказывается в комплексе, который находится под землёй. Игроку придётся столкнуться с самыми опасными местами данного комплекса. Отличительной чертой игры является потребность моргать в связи с аномальными свойствами SCP-173. Другой важной особенностью игры является процедурная регенерация игрового пространства: при разных входных значениях (seed) во время создании игрового мира, он будет иметь случайное расположением помещений и коридоров, что делает каждое прохождение уникальным и по-своему страшным. И в то же время, одинаковые входные значения (seed) вместе с одинаковой версией игры дадут один и тот же сгенерированный мир, с одинаковым расположением помещений и коридоров.
Сам комплекс представляет собой сеть запутанных коридоров (в одной из записок и в разговоре по радио говорилось, что новый учёный комплекса заблудился, пытаясь найти выход после нарушений содержания), из-за чего игрок должен делать всё возможное, чтобы не заблудиться: помечать свой путь предметами, пользоваться навигатором.
В комплексе можно найти документы об аномальных объектах, что позволит игроку узнать их способности и подготовиться к их встрече. Не все аномальные объекты причиняют какой-либо вред игроку: так, например, SCP-500-01 полностью лечит игрока (с версии 1.3.10 SCP-500-01 лечит от болезней, но не от травм). Игроку представляют опасность не только аномальные объекты, но и ловушки в комплексе (газовые камеры, которые автоматически закрываются; электрические ворота в коридорах), а также сами сотрудники фонда (мобильная оперативная группа при встрече с игроком откроет по нему огонь). Для дальнейшего продвижения не только можно, но и нужно взаимодействовать с аномальными объектами (SCP-914 улучшит ключ-карту; SCP-035 подскажет, как выбраться из комплекса; SCP-079 откроет ворота; SCP-860 поможет быстрее пройти 3 зону, SCP-513 поможет найти ворота B и места, необходимые для открытия этих ворот; SCP-714 защитит от аномального воздействия некоторых объектов; SCP-427 восстановит здоровье игрока;SCP-1439поможет скрыться от опасных NPC).
В игре для придания атмосферы ужаса главную роль играет звуковая состовляющая: неопытным игрокам очень сложно отличить фоновый звук от звуков врагов. Игра также изобилует «скримерами». Без знаний о вселенной SCP новичку будет очень сложно пройти игру: некоторые объекты появляются до того, как игрок успеет найти документы, описывающие их аномальные свойства; документ про SCP-096 можно получить только через SCP-914 или с небольшим шансом найти в архивной комнате, что приводит в недоумение игроков, которые встретились с SCP-096 и не имеют представления, как с ним нужно себя вести.
