Авиакомпания появилась в 1943 году как Свердловский объединённый авиаотряд. Деятельность авиакомпании началась в 1993 году, руководителем авиакомпании стал Сергей Скуратов.
Изначально авиакомпания эксплуатировала самолёты советского производства. С 2006 года работала программа обновления авиапарка, в рамках которой советские самолёты были постепенно выведены из эксплуатации.
В 2017 году авиакомпания эксплуатировала однотипные узкофюзеляжные самолёты семейства А320 концерна Airbus. Одновременно с этим у авиакомпании появился новый логотип и ливрея.
На данный момент "Уральские авиалинии" владеют 14 Airbus А321, 24 Airbus А320, 5 Airbus А319, 3 Airbus A320neo, 8 Airbus А321neo.
