После смены руководства НКАП, в наркомате была создана новая организационная структура. С 27 мая 1940 г. НКАП состоял из ГСУ, ГСАУ, Главного приборного управления 2*, ГМАУ, Главного управления по производству лыж, винтов и запчастей, Главного опытно-самолётного управления 3*, Главного опытно-моторного управления 4*, Главного управления капитальных работ, Главного управления учебных заведений, Главного управления снабжения и Управления противовоздушной обороны и охраны [3]. Кроме того, в НКАП входили Технический совет, Технический отдел и Металлургический отдел, созданный на базе расформированного ГМПУ, и ещё ряд вспомогательно-служебных отделов. Дальневосточный территориальный главк был преобразован в аппарат Уполномоченного НКАП на Дальнем Востоке [4]. VII ГУ было передано в наркомат электропромышленности. Ввиду форсированного развития бомбардировочной и штурмовой авиации, а также особого внимания, проявляемого к производству этих типов авиатехники, 21 марта 1941 г. ГСУ было подразделено на Главные управления истребительной и учебно-тренировочной авиации (ГУИУТА) с одной стороны, и бомбардировочной, штурмовой и транспортной авиации (ГУБШТА) — с другой. По некоторым сведеньям, новосозданные ГУ имели так же и номерные обозначения — 1-е ГУ, ведавшее производством истребителей (руководитель — П.А.Воронин), и 10-е ГУ (руководитель — А.И.Кузнецов), занимавшееся производством бомбардировщиков [5]. Уже после начала войны — 26 июня 1941 г. — из ГУНЭТА было выведено производство планеров, порученное Главному управлению планеров (ГУП), после чего ГУИУТА было переименовано в Главное управление истребительной авиации (ГУНА). В апреле 1941 г. металлургический отдел был развёрнут в Главное металлургическое управление (ГУМ) [6].
Вскоре после своего назначения А.И.Шахурин доложил И.В.Сталину, что по состоянию на середину 1940 г. суммарная мощность авиапромышленности Германии, предприятий государств-сателлитов и покорённых стран превосходит вдвое аналогичный показатель авиаиндустрии советской [7].
1* Емельянов B.C. На пороге войны. М., 1971. С.92.
2* Бывшее VIII ГУ.
3* Выделено из бывшего XI ГУ.
4* Выделено из бывшего XI ГУ.