Моровое поветрие постигшее нашу страну в 1654 году не обошло стороной и Калужский край. Несмотря на все предосторожности, на устройство крепких застав и сторожей чума проникла в город в августе и свирепствовала 4 долгих месяца.
Калужский воевода Борис Иванович Камынин доставил московскому царю список в котором было сказано, что жертвой чумы были игумен Лаврентьева монастыря и 4 иеромонаха. В слободе и деревне монастырской умерло 95 крестьян, в живых осталось 32.
В XVII столетии в Лаврентьев монастырь царь московский Фёдор Алексеевич жалует в дар богатое напрестольное Евангелие на полуалександрийской бумаге( сорт дорогой книжной бумаги), Московской печати, 1681года, облаченное пунцовым бархатом. Верхняя доска в сребропозлащенном окладе-средние-Деисус и наугольники-Евангелисты накладные чеканные, искусной работы. На нижней доске средник и наугольники также сребропозлащенные, как и застёжки. На полях верхней доски выполнена надпись: "Лета 1682 генваря во 2 день повелением Великого Государя "Царя и Великого Князя великия и малыя России «Самодержавца построено сие святое Евангелие в церковь Сретения Господня, что у него Великого Государя вверху». Мерой в длину 10 с половиной, в ширину-7 с половиной вершков.(1 вершок-4.5 см)Когда именно и по какому случаю пожертвовано это Евангелие неизвестно, но несомненно, что оно не могло иначе поступить в монастырь, как по Царскому велению
В 1695 году было прислано в дар обители другое напрестольное Евангелие от Государыни, Царевны и Великой Княжны Татьяны Михайловны (младшая дочь царя Михаила Фёдоровича), которое она преподнесла, как значиться в записи: «поминаючи душу сестры своей Благоверной Государыни Царевны и Великой Княжны Анны Михайловны, в инокинях Анфисы».
Первый настоятель обители, удостоившийся звания Архимандрита был игумен Карион, который управлял монастырем с 1698 по 1708 год. Игумен Карион заботился о внешнем и внутреннем содержании обители, об этом говорят многие признаки, например на большом колоколе можно было прочесть, что он отлит при Архимандрите Карионе «тщанием и радением города Калуги посадских людей» в 1515 году (веса в нем тогда было 99 пудов). Надписи на некоторых богослужебных книгах, сделанные в 1515 году, говорят о том, что они были приобретены большей частью при Архимандрите Карионе. Сам же он был погребен в притворе нижней церкви, в нескольких саженях от раки Святого Праведного Лаврентия, чего не удостаивался никто из настоятелей. Получается, что за свое 24-летнее управление обителью Архимандрит Карион снискал любовь и уважение всего братства. Над могилой почившей была установлена каменная доска с надписью: "1722 года генваря в 26 день, на память Преподобного Отца Ксенофонта, «преставился раб Божий сея обители Архимандрит Карион жития его от рождения 67 лет. В сей обители игуменствовал 10, Архимандритом 14 лет."
Усердие к обители калужских жителей и дворян выразилось в постройке каменного храма с колокольней, каменной ограды вокруг монастыря и в украшении раки Св. Праведного Лаврентия.
В 1764 году, во время управления монастырем Архимандрита Варлаама, было учреждено положение о духовных штатах, имевшее важное влияние на состояние обителей. Лаврентьев монастырь состоял в 5 классе, 15-ым в списке обителей. Монашествующих по штату положено, кроме Настоятеля, 11 человек, вольный писец и 8 штатных служителей. Окладной суммы на содержание обители назначено в год 862 руб. 32 с половиной коп. Земли отведено садовой и огородной вне монастыря за стенами 3 десятины 100 саженей, под рощей 1 десятина 100 саженей, лугу близ Угры 4 десятины, выделена мельница на речке Яченке и рыбные ловли в Перемышльском уезде в озерах Меховом, Долгом и Минкины лужки.