Сергей Перхун родился 4 сентября 1977 года в Днепропетровске. Начинал свою карьеру в команде "Днепр". Из-за финансовых соображений и отсутствия перспектив в клубе в 1999 году Перхун перешел в тираспольский "Шериф". В составе молдавской команды он стал основным голкипером. В 2001 году Перхун перешел в московский ЦСКА. В начале чемпионата он был резервным вратарем при наличии Андрея Новосадова и Вениамина Мандрыкина. За ЦСКА Сергей успел сыграть 13 матчей, пропустив всего 6 мячей и отыграв семь матчей "на ноль". По ходу матчей он нередко бросался в ноги противнику и спасал команду от гола. По итогам многочисленных журналистских опросов Перхун занимал лидирующие позиции в списках лучших вратарей, лучших дебютантов и лучших легионеров чемпионата России. По словам Юлии Перхун, Сергей называл в качестве своего возможного сменщика в клубе Игоря Акинфеева. 15 августа 2001 года Перхун провел первую и последнюю игру в составе национальной сборной Украины, отыграв первый тайм товарищеского матча