В ХIII – XIV вв. происходит колонизация Черноморского побережья итальянским купечеством. Колония Мапа (Анапа) была основана выходцами из Генуи на месте античной Горгиппии и являлась пунктом товарообмена с местным населением. Торговля носила меновый характер. Генуэзцы привозили венецианское стекло, дорогие ткани, изысканные украшения. Местные племена (адыги) продавали хлеб, воск, меха, строевой лес.
В последней четверти XV века территория Северного Причерноморья была завоевана турками-османами. Название «Анапа» впервые упоминается Ибн-Кемалем в описании похода на Черкессию в 1479 году.
Оно исследовалось Н.Я. Марром, который считал, что «Анапа» происходит из абхазского языка и означает «рука», «у рукава реки», т.е. пункт, расположенный в устье реки. Исследователь А.Г. Лопатинский считал, что «Анапа» - слово черкесское («анэ» - стол, «пее» - нос, конец) – столообразный выступ берега, что это название первоначально было присвоено мысу. Существует еще ряд версий.
Сооружение крепости Анапа относится к 1781 – 1782 гг, когда турки, готовясь к войне с Россией, значительно ее укрепили. С помощью французских инженеров Анапа превратилась в мощную турецкую крепость на берегу моря.
- 0+
Цепь укреплений, проходивших по р. Кубань, получила название Кавказская линия. Она служила охране новых границ Российской империи. В ходе ряда русско-турецких войн (походы российских войск на Анапу – 1788, 1790, 1791, 1807, 1809, 1828) Анапа по Адрианопольскому мирному договору (1829) вошла в состав Российского государства. По указу императора Николая I, посетившего Анапу в 1837 году, все укрепления крепости были уничтожены, оставлены в память доблести русских войск лишь ее восточные ворота, сохранившиеся до наших дней.
30 – 60 гг XIX в. – время заселения Анапы и Анапского района выходцами из российских и украинских губерний, Азовского и Кубанского казачьих войск, анатолийскими греками, чехами, немцами, армянами, татарами. В 1846 году Анапе был присвоен статус портового города (утрачен в 1860, восстановлен в 1866 г.).
Освоение Анапы как курорта началось в конце XIX века. С именем врача-бальнеолога В. А. Будзинского связано основание и дореволюционное развитие курорта. В 1900 г. состоялось открытие водолечебницы, в следующем - грязелечебницы и пансионата на 90 мест. Вскоре был организован Институт физических методов лечения (нынешний санаторий «Маяк»). В 1909 г. строится детский санаторий «Бимлюк» для детей, страдающих костно-суставным туберкулезом, а в горной местности Семигорье – санаторий «Лучезарная» для больных с заболеваниями желудка и кишечника. Жизнь на курорте оживляется. Строятся курортный зал, телеграф, почта, театр и т.п.
Перемены принес Октябрьский переворот. В условиях разрухи и гражданской войны В.И. Ленин подписал декрет «О лечебных местностях общегосударственного значения» (1919 г). Причерноморье было объявлено курортной зоной страны. В 30-е гг правительством была поставлена задача преобразовать Анапу в крупный образцовый детский курорт. В предвоенные годы в Анапе функционировало 22 санаторно-курортных учреждения. Общее число отдыхающих составляло около 100 тысяч в год.
Во время Великой Отечественной войны город оккупирован немецко-фашистскими захватчиками. Город был освобожден 23 сентября 1943 года и оказался полностью разрушенным.