Вилли (Вильгельм Эмиль) Мессершмитт родился в Германии во Франкфурте-на-Майне 26 июня 1898 года.
Вильгельм Мессершмитт был сыном виноторговца Фердинанда Мессершмитта и его второй жены, Анны Марии, урожденной Шаллер. Его родители содержали большой винный магазин с винным баром. Первую модель самолета построил уже в возрасте 10 лет, позже, будучи студентом, создавал реальные планеры и экспериментировал с друзьями. В 13-летнем возрасте познакомился с Фридрихом Хартом , что сильно повлияло на его жизнь. Особенный восторг у него вызывали большие и красивые дирижабли, носившие имя своего изобретателя графа Ф. фон Цеппелина. Это увлечение летательными аппаратами привело будущего авиаконструктора в реальное училище, где получали образование те, кто планировал посвятить свою жизнь изучению различных наук и технологий. Вскоре они объединят свои усилия по проектированию, созданию и испытанию первых самолетов.
По окончании школы (1917) в связи с началом Первой мировой войны был призван на военную службу. В 1922 году они снова станут работать вместе над созданием летательных аппаратов и даже откроют свою летную школу. Харт все время спорил с Мессершмиттом по поводу несовершенства его конструкций. Вскоре их сотрудничество и вовсе прекратилось. Ещё во время учёбы молодой Вильгельм зарегистрировал фирму Messerschmitt. Известно, что Вилли Мессершмитт был очень амбициозной личностью, поэтому он почти сразу же вступил в нацистскую партию, как только Гитлер пришел к власти. Авиаконструктор познакомился с Германом Герингом, рейхминистром авиации, и стал его близким другом. Во время Второй мировой Мессершмитт числился техническим советником при Люфтваффе. Благодаря своим связям с нацистами он стал довольно заметной фигурой в Третьем рейхе. За свою работу Вилли Мессершмитт был удостоен нескольких государственных наград, он часто появлялся в СМИ, а также встречался с высшими государственными чинами.
С началом войны его заводы заработали в бешеном темпе, выпуская огромное количество самолетов. Однако со временем его работников одного за другим стали забирать в армию, а находить новых становилось все сложнее. Поэтому на его заводах стали использовать рабский труд – рабочих, привезенных из оккупированных фашистами стран. Вилли Мессершмитт, биография которого была в основном связана именно со строительством недолговечных планеров, считал, что истребители не должны иметь чрезмерно усиленных конструкций. По его мнению, военный летчик должен был выживать исключительно за счет личного летного мастерства, а не благодаря прочности самолета. Поэтому его машины были легче, маневреннее и быстрее, чем истребители того же класса, разработанные другими авиаконструкторами. После Второй мировой войны Мессершмитт был осужден за использование рабского труда, а в 1948 году был признан виновным в сотрудничестве с нацистским режимом. После двух лет, проведенных в тюрьме, он был освобожден и возобновил свою должность в качестве главы своей компании. Так как Германии было запрещено производство самолетов до 1955 года, он организовал компанию по производству сборных домов, швейных машин и малолитражных автомобилей.
В 1952 году, используя свои прежние наработки, немецкий авиаконструктор создал реактивный самолет Hispano HA-200 для испанской авиации. Спустя три года в Германии отменили мораторий на производство летальных аппаратов. Фирма Messerschmitt AG почти сразу же получила разрешение на производство нового самолета Fiat G.91, а также Lockheed F-104 Starfighter для западногерманских ВВС. В 60-х годах авиаконструктор работал над легким сверхзвуковым перехватчиком Helwan HA-300, поступившим на вооружение военно-воздушных сил Египта. Этот самолет стал последней из его разработок. Впоследствии предприятие Мессершмитта претерпело два слияния с другими авиакомпаниями, где прославленный авиаконструктор был председателем вплоть до 1970 года, пока не ушел в отставку.
Мессершмитт стоял у истоков реактивной авиации. Разработанный его фирмой турбореактивный истребитель и бомбардировщик Ме. 262 в 1944 году стал первым в мире серийным реактивным самолётом и первым в мире реактивным самолётом, участвовавшим в боевых действиях. Кроме того, истребитель-перехватчик с жидкостным ракетным двигателем Ме.163 в 1941 году впервые в мире перешагнул рубеж 1000 км/ч.
К сожалению о личной жизни великого конструктора ничего неизвестно.
Мессершмитт умер восемь лет спустя, 15 сентября 1978 года в больнице Мюнхена при нераскрытых обстоятельствах.