Расположенный в 15 минутах пешком по аллеям Ботанического сада от малоэтажного жилого квартала "Малая Ботаническая", Японский сад - это уникальный ландшафтный парк с каскадом небольших прудов, растениями, привезёнными с японских островов, и домиком для чайных церемоний.
Японский сад был открыт в 1987 году и стал совместным проектом Главного ботанического сада РАН СССР и посольства Японии в СССР.