С марта 2014 года Павел Халин находился под предварительным, с февраля 2017 года — под судебным следствием. Он обвиняется в злоупотреблении служебными полномочиями, мошенничестве и хищении на сумму свыше 100 млн рублей.
Вторым фигурантом по уголовному делу проходит заместитель Халина Ахмед Котиков. По версии следствия, преступления были совершены в 2011-2012 годах. Бывшему директору федерального казенного предприятия вменяют хищение более 90 млн рублей, выделенных на реконструкцию взлетно-посадочной полосы аэропорта «Чокурдах», растрату имущества предприятия и злоупотребление полномочиями. По данным следствия, бывший руководитель оплатил свою предвыборную агитацию из средств предприятия.
Расследование дела было завершено в 2015 году. Но суд несколько раз возвращал его прокурору. Окончательно оно было принято в производство судьи Романа Габышева в феврале 2017 года. За время судебного процесса Халина выселили из служебной квартиры. Постановление Якутского горсуда по иску «Аэропортов Севера», собственника жилья, подсудимый пытался обжаловать до прошлого года.
Павел Халин обвиняется в двух эпизодах хищения, семи — превышения должностных полномочий и мошенничестве. Он не признает свою вину.
31 марта ему и Ахмеду Котикову будет вынесен приговор.