Этот древний сорт кукурузы был получен от диких форм травы под названием теосинте.
Кукуруза как вид была введена в культуру 7—12 тыс. лет назад на территории современной Мексики. Древнейшие находки зерновок культурной кукурузы на территории современных штатов Оахака (пещера Гвила Накитц) и Пуэбла (пещеры около города Теуакан) датируются соответственно 4250 и 2750 годами до н. э. Интересно, что кукурузные початки в те времена были примерно в 10 раз меньше, чем у современных сортов, и не превышали 3-4 см в длину.
Международная группа учёных под руководством археоботаника Долорес Пиперно (Dolores Piperno) из Смитсоновского национального музея естественной истории и профессора антропологии Энтони Ренери (Anthony Ranere) из Университета Непл в Филадельфии обнаружила первые прямые свидетельства того, что кукуруза была одомашнена около 8700 лет назад в центре долины Бальсас в Мексике, и что её диким предком было местное растение, именуемое теосинте. На сегодня это самая ранняя датировка одомашнивания кукурузы. Кластер генов Tcb1-s является одним из трёх, который придает несовместимость между редко гибридизирующимися популяциями кукурузы и теосинта. В отличие от двух других, Tcb1-s встречается почти исключительно в диком теосинте и содержит как мужские, так и женские гены, которые кодируют способность дикого теосинта отторгать пыльцу кукурузы. Анализ микроостатков (крахмала зёрен и ископаемых растений), обнаруженных на каменном заслоне от ветра, называемом Шиуатоштла, проведённый при участии Айрин Холст (Irene Holst), предоставил прямые свидетельства в отношении одомашнивания как кукурузы, так и ряда растений семейства тыквенных.
Существует несколько теорий происхождения культурной кукурузы:
Как результат селекции одного из подвидов мексиканской дикой кукурузы, Zea mays ssp. parviglumis; данный таксон и сейчас растёт в Мексике и Центральной Америке. Скорее всего, культура возникла в бассейне реки Бальсас на юге современной Мексики. Не исключено, что до 12 % генетического материала предковые формы культурной кукурузы получили от другого подвида — Zea mays ssp. mexicana — за счёт интрогрессивной гибридизации.
Как результат гибридизации мелкой окультуренной дикой кукурузы (то есть слегка видоизменённой формы дикой кукурузы) с другим видом данного рода — либо Zea luxurians, либо Zea diploperennis.
Один из таксонов мексиканской дикой кукурузы вводился в культуру несколько раз.
Культурная кукуруза возникла при гибридизации Zea diploperennis с каким-то представителем близкородственного рода Tripsacum.