Переводить свою работу на военные рельсы советская милиция начала сразу после нападения Германии на СССР. В июле-августе 1941 года были созданы 15 стрелковых дивизий наркомата внутренних дел. После знаменитого парада 7 ноября на Красной площади половина московских милиционеров ушла на фронт, хотя проблем в столице хватало. Из-за стремительного продвижения Вермахта к Москве город был объявлен на осадном положении, чем воспользовались дезертиры и уголовники, не пожелавшие упустить своего шанса пограбить объятый паникой и страхом город.
С 20 октября и вплоть до снятия осадного положения 1 мая 1942 года милиция задержала в Москве более полумиллиона человек из числа дезертиров, воров, уклонистов, заимевших нелегальную «бронь» от фронта, и т.д. Гражданские суды были реорганизованы в военные трибуналы. На фронт отправили 98 тысяч отставших и потерявшихся бойцов РККА. В поле особого внимание силовых органов воюющего государства попали нарушители государственной и трудовой дисциплины, несуны, тащившие с предприятий всё, что не было привинчено к полу, и те, кто отлынивали от работы в военное время в особенности на предприятиях оборонной промышленности.
Советские силовики проводили против криминальных банд полноценные войсковые операции, причём не только в Москве. В Ташкенте, например, действовала крупная группировка из 102 человек, успевшая к моменту ликвидации записать на свой кровавый счёт больше сотни тяжких преступлений. Для уничтожения банды была направлена бригада милиционеров и бойцов НКВД СССР. Похожие зачистки были проведены в 1943 году в Новосибирске и в 1944 году в Куйбышеве.