В 1993 году подписал контракт, став снайпером во взводе спецназа. Уже через месяц был направлен в город Владикавказ. Выполнял служебные обязанности по охране общественного порядка при чрезвычайных обстоятельствах.
В составе отряда специального назначения «Росич» участвовал в первой чеченской кампании, в штурме Грозного в декабре 1994 года.
В составе группы майора Гриценко, приданной мотострелковому полку, в уличных боях за консервный завод, городскую больницу уничтожил не менее пяти снайперов, несколько гранатомётчиков, боевиков. 2 января 1995 года был ранен осколком мины. После госпиталя уже летом вернулся в часть.
Указом Президента Российской Федерации от 25 августа 1995 года за мужество и героизм, проявленные при выполнении специального задания, рядовому Бабакову Виталию Викторовичу присвоено звание Героя Российской Федерации.
Осенью 1995 года Бабаков стал прапорщиком, заместителем командира взвода. В декабре того же года принял под командование взвод специального назначения дивизии оперативного назначения Северо-Кавказского округа внутренних войск МВД России.
23 февраля 1996 года в Кремле из рук Президента России прапорщик Виталий Бабаков получил медаль «Золотая Звезда» Героя Российской Федерации.
Окончил экстерном Санкт-Петербургское высшее военное командное училище внутренних войск МВД России. За несколько месяцев освоив программу среднего военного училища, сдал все экзамены. Лейтенанта Бабакова назначили заместителем командира учебной группы отряда специального назначения, позднее командиром группы в отряде специального назначения «Росич». В качестве поощрения за добросовестную службу он дважды был досрочно повышен в звании, уже через четыре года стал капитаном.
В настоящее время проходит военную службу в Вооруженных силах Российской Федерации.