Пятнадцать лет назад мастер ниндзюцу Хамато Йоси купил в нью-йоркском зоомагазине четырех очаровательных черепашек. По дороге домой он столкнулся с таинственными злоумышленниками, которые втянули его в драку. Из рук злодеев выпал контейнер с неизвестным веществом, под действием которого Хамато мутировал в огромную антропоморфную крысу. К счастью, он не растерял своих боевых навыков и мудрости. Одновременно удивительные метаморфозы произошли и с его новыми питомцами – встав на задние лапы, они обрели человеческий разум и фантастическую силу. С тех пор четыре говорящие черепашки Леонардо, Донателло, Рафаэль и Микеланджело растут под присмотром своего сенсея в канализационных туннелях Нью-Йорка. Чуть повзрослев, они выходят на поверхность, где их ждет множество замечательных открытий – от вкусной пиццы до знакомства с новыми друзьями. Черепашки убеждаются, что у всего есть обратная сторона, и этот прекрасный большой мир нуждается в их защите. Супергеройской четверке предстоит сразиться со вселенским злом и раскрыть тайну своего происхождения.