Алишер Усманов родился 9 сентября 1953 года в городе Чуст Наманганской области Узбекской ССР[8]. Самый старший среди четверых детей в семье. Отец Алишера Усманова — Бурхан Усманов — в 1980-е был прокурором г. Ташкента[12].
В детстве, после прочтения «Трёх мушкетёров», увлёкся шпагами и мушкетёрскими поединками и занялся фехтованием. Уже через два года тренировок в секции он вошёл в юношескую сборную республики по фехтованию, а через некоторое время стал мастером спорта и входил уже в сборную команду СССР[8]. В это время впервые увидел свою будущую жену Ирину Винер (старше Усманова на пять лет), которая занималась художественной гимнастикой в том же Дворце спорта[11].
В 1971 году поступил, а в 1976 году окончил МГИМО по специальности «международное право»[8]. Его сокурсником был Сергей Ястржембский. Работал научным сотрудником Академии наук СССР, старшим референтом ЦК ЛКСМ Узбекистана, генеральным директором Внешнеэкономической ассоциации Советского комитета защиты мира[8][12].
В августе 1980 года 26-летний Усманов вместе со своими приятелями Бахадыром Насымовым, оперуполномоченным особого отдела КГБ, сыном заместителя председателя КГБ Узбекской ССР Мухаммед-Амина Насымова, и Ильхамом Шайковым, сыном министра сельского хозяйства, был осуждён на 8 лет лишения свободы по обвинению в соучастии в получении взятки при отягчающих обстоятельствах, мошенничестве, совершённом группой лиц, групповом хищении социалистической собственности[8][13][14][15]. В 1986 году Усманов был условно-досрочно освобождён из колонии «ввиду искреннего раскаяния» и «за примерное поведение»[16]. Официально Усманов был реабилитирован в 2000 году Верховным судом Узбекистана, признавшим дело полностью сфабрикованным[8]. По словам Усманова, которые цитируют ТАСС и Forbes, «он вместе с друзьями стал жертвой внутреннего конфликта в руководстве Узбекской ССР», при этом основной удар был направлен против высокопоставленных родителей «золотой узбекской молодёжи», а не против самих мажористых приятелей[8][17][12].
Вернувшись к деятельности, Усманов зарабатывал на жизнь переводами с арабского языка и затем поступил на работу патентоведом в лаборатории Института физики АН СССР в Андижане. С помощью связей, приобретённых во время учёбы в МГИМО, вернулся в Москву, где стал работать в Внешнеэкономической ассоциации Советского комитета защиты мира[8].
В 1987 году в Раменском Усманов учредил кооператив «Агропласт», который занимался производством полиэтиленовых пакетов на базе Раменского завода пластмасс в Московской области, а также до 1993 года поставками табака[8]. В 2003 году в интервью газете «Ведомости» Усманов утверждал, что перестал заниматься продажей табака «из идеологических соображений», поскольку решил, что не станет больше продавать товар, который «несёт угрозу для здоровья людей»[8]. В свою очередь, в 2012 году русская версия журнала Forbes полагала, что причиной такого отказа послужило банкротство компании, вызванное девальвацией рубля. В начале 1990-х годов Усманов впервые вышел на рынок телекоммуникаций: был вице-президентом, затем президентом компании «Интеркросс» — производителя телекоммуникационного оборудования[8].
В 1994—1998 годах Усманов во главе Межбанковской инвестиционно-финансовой компании «Интерфин» вёл взыскание долгов за газ. В конце 1990-х Усманов познакомился с Ремом Вяхиревым; объединив усилия и финансы, «Газпром» и «Интерфин» приобрели контрольные пакеты Оскольского электрометаллургического комбината (ОЭМК) и Лебединского горно-обогатительного комбината, консолидировав их в «Газметалл». В 2002 году «Интерфин» Усманова выкупил долю «Газпрома» в этой компании и стал единственным контролирующим акционером. В 2005 году Усманов совместно с Василием Анисимовым приобрёл у Бориса Иванишвили Михайловский ГОК. В 2006 году все упомянутые активы были консолидированы в «Металлоинвест», совладельцами его вместе с Усмановым стали Анисимов и Владимир Скоч (которому в 1999 году были переданы акции после того, как его сын Андрей Скоч стал депутатом Госдумы)[12][18].
В 1997 году Усманов окончил Финансовую академию при Правительстве РФ по специальности «Банковское дело»[8].
В 2003 году Усманов на минимальных уровнях 4,5 пенса за акцию приобрёл сначала небольшой пакет акций англо-голландской сталелитейной компании Corus, третьего по величине производителя стали в мире. Поскольку компания в тот момент находилась в кризисе, банки отказали Усманову в кредите на покупку крупного пакета акций и ему пришлось взять взаймы у друзей. Приобретя на низких уровнях 13,4 % акций компании Corus за 319 млн долларов собственных и заёмных средств, в 2004 году Усманов продал акции, заработал для себя и партнёров 614 млн долларов. После успешной сделки Анисимов стал партнёром Усманова и в последующем проекте[17]. В середине 2000-х годов Усманову принадлежали максимальные для него 2,6 % акций «Газпрома» и 1 % «Сбербанка»[17].
С 2006 года Усманов является членом бюро правления Российского союза промышленников и предпринимателей[19] и в настоящее время возглавляет его Комитет по совершенствованию контрольно-надзорной деятельности и устранению административных барьеров. В августе 2006 года Усманов как частное лицо приобрёл у партнёра Бориса Березовского и Бадри Патаркацишвили 100 % акций издательского дома «Коммерсантъ»[12].
В 2018 году Усманов попал в «кремлёвский доклад» Минфина США — список из 210 чиновников, политиков и бизнесменов, приближенных, по мнению авторов доклада, к президенту России Владимиру Путину. Как отметил Минфин США, данный список не является санкционным и никакие ограничения против его фигурантов автоматически не вводятся. По мнению президентского пресс-секретаря Д. Пескова, этим докладом Вашингтон стремится поссорить Путина с российским предпринимательским сообществом[20].