Весь XIII век полчища монголов и их главная ударная сила - подразделения тяжёловооружённой конницы - наводили хтонический ужас на все без исключения народы Евразии. От закованных в броню жестоких и дисциплинированных воинов, в буквальном смысле слова сметавших всё на своём пути, казалось, не могло спасти ничто, но для достижения таких успехов им нужна была и лошадь под стать. Привычные монгольские лошадки для нужд тяжёлой кавалерии уже не подходили в силу своей природной медлительности, а тувинских лошадей было слишком мало, чтобы обеспечить растущие потребности монгольских ханов в тяжёлой кавалерии, но в 1207 году сын Чингисхана Джучи захватил к тому времени окончательно ослабевший Кыргызский каганат, получив в своё распоряжение местную породу лошадей, как нельзя лучше подходившую для нужд тяжёлой кавалерии, а распространившись вместе с монголами по всей Евразии, освоившую множество профессий.
Несмотря на название, родина этой горной породы лошадей - не Тянь-Шань, а Алтай, где предки современных киргизов енисейские кыргызы скрывались от войск Жужаньского каганата. Прекрасно понимая, что им предстоит большая драка за власть в Степи, кыргызы активно готовились к будущим сражениям, не только изготавливая лучшее оружие и доспехи, но и выводя новую породу лошадей, идеально приспособленную и к жизни в горах, и к таранным атакам. Путём грамотной и продуманной селекции, в которой приняли активное участие как древнекиргизские лесные и горные породы лошадей, так и представители иных восточных пород лошадей (в том числе монгольская), древним кыргызам удалось вывести породу лошадей, на столетия ставшую эталонной для севера Евразии.
На долгие годы киргизская лошадь стала гарантом суверенитета Кыргызского каганата, а как же иначе, если на них шла в бой прославленная тяжёлая конница кыргызов. Значение своей лошади в обороне и хозяйстве страны енисейские кыргызы всегда очень хорошо понимали и официальный экспорт лошадей из земли кыргызов был запрещён, а пойманных конокрадов ждала жестокая казнь. Эти законы поддерживались и после Х века, когда Кыргызский каганат окончательно распался, поэтому, когда в 1207 году монгольские послы попытались было уговорить кыргызских князей продавать им своих лошадей, им было объявлено, что "кыргызы своим достоянием не торгуют". Итогом этого посольства стал грандиозный военный поход, окончательно стёрший остатки Кыргызского каганата с лица земли.
Завоевание Кыргызского каганата позволило, наконец, монголам начать войну с целью завоевания всего мира, ведь теперь в их руках были не только умелые кузнецы и гигантские месторождения металлов, но и лучшая из существующих на тот момент пород лошадей, статная и скоростная и в тоже время - выносливая и неприхотливая, как родная монгольская. Теперь уже ничто не могло помешать железному монгольскому войску пройтись огнём и мечом по доброй части Евразийского материка, а когда Великая Монгольская империя в силу внутренних неурядиц развалилась, кыргызские кони широко распространились по всей Евразии, где использовались как в чистом виде, так и для селекции местных пород лошадей, среди которых особое место занимает русская крестьянская лошадь - главный двигатель экономики 1/6 части земного шара вплоть до 1930-х годов.
В настоящее время кыргызская лошадь стала национальным достоянием республики Кыргызстан, хотя её почитание и не возведено в культ, как почитание ахалтекинской лошади в Туркмении. Во многом это справедливо, ведь сильная и выносливая киргизская лошадь, не раз спасавшая киргизский народ от полного уничтожения и сейчас, в ХХI веке, является главной движущей силой экономики республики, но киргизы не останавливаются на достигнутом результате, продолжая кропотливую работу по улучшению её характеристик, чтобы прославленные киргизские кони, история которых насчитывает более тысячи лет, долго ещё не имели себе равных.